<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt">It sounds like you have it pretty clear already.&nbsp; A point to note, in GROMACS the origin coordinate 0,0,0 is at&nbsp;a corner of the box, not the centre.&nbsp; This could be what caused such a big (apparent) shift.
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif"><BR><BR>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">----- Original Message ----<BR>From: maria goranovic &lt;mariagoranovic@gmail.com&gt;<BR>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>Sent: Monday, March 31, 2008 10:32:28 AM<BR>Subject: [gmx-users] problem with bilayer PBC. after dynamics, bilayer becomes 2 monolayers (shift in box center?)<BR><BR>Hello Folks,<BR><BR>I am simulations a lipid bilayer. After minimization, the output .gro file contains a bilayer that is a layer of water sandwiched between 2 monolayers of lipids (instead of being the other way around). I guess this has something to do with the periodic shift in boxes or something. Can someone please clarify this for me ? <BR><BR>Thank you<BR><BR>-Maria<BR clear=all><BR>-- <BR>Maria G.<BR>Technical University of Denmark<BR>Copenhagen</DIV><BR></DIV></div><br>
      <hr size=1>Special deal for Yahoo! users & friends - <a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=47521/*http://tc.deals.yahoo.com/tc/blockbuster/text3.com
">No Cost. Get a month of Blockbuster Total Access</a> now</body></html>