Hi all, <br>Two days back I posted this question, no one replied thats why I am posting again. <br>I wanted to use OPLS-AA/L force field for POPC and Protein<br>1.I calculated&nbsp; the sigma and epsilon values as the way Mr.Justin mentioned , the values I got are<br>
&nbsp;;name&nbsp;&nbsp; name&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp; sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; epsilon<br>

&nbsp; LO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.295999914&nbsp; 0.878694594 ;carbonyl O, OPLS<br>&nbsp; LOM&nbsp;&nbsp; LOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.295999914&nbsp; 0.878694594 ;carboxyl O, OPLS<br>&nbsp; LNL&nbsp;&nbsp;&nbsp; LNL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.35300e-03&nbsp; 3.95100e-06 ;Nitrogen, OPLS<br>
<br>2. Then
in first step of Chris procedure(web link quoted below), wrote that
add atom type H from opls_369 to match H expected by pope.itp<br><a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2006-September/023639.html">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2006-September/023639.html</a><br>
In archives H atom type adding problem posted for pope type of lipids<br>
&nbsp; opls_369 &nbsp; H &nbsp;&nbsp; 1 &nbsp; 1.008&nbsp; 0.400 &nbsp; &nbsp; A &nbsp; &nbsp; 0.0000e+00 &nbsp; 0.0000e+00 (for pope)<br>
&nbsp;Im using POPC type of lipid<br>&nbsp;I want to ask two things<br>1.&nbsp; How can I&nbsp; modify H atom type in popc.itp file<br>2. Mr. Chris mentioned that Parameters require a double pairs section,&nbsp; how&nbsp; can I mention?<br><br>Pls give me detail explanation, Eagerly&nbsp; waiting for reply <br>


all comments will be appreciated 
<br>Thanks in advance<br><br><br>