Sir, <br />&nbsp;&nbsp; I am trying to simulate oxygen gas diffusion pathways in protein.&nbsp;For this I am usinf OPLS force fields. I have used a cubic box of 0.8 in which the protein is centered. Now I added 200&nbsp;oxygen gas molecule along with spc water molecule using genbox which runs successfully. Now When I start the simulation it crashes at the first step&nbsp;giving error&nbsp;that "force&nbsp;= inf on atom 1307".&nbsp;<br />for oxygen&nbsp;molecule i am using a pdb which contains two oxygen atomtypes OX1 and OX2 which I have generated from chem sketch.<br />I have also made an "oxygen.itp" file like "spc.itp" file.<br /><br />[molecule type ]<br />; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<br />&nbsp; OXY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br /><br />[atoms]<br />; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp;&nbsp; resnr residue&nbsp;&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp; mass<br />#ifdef&nbsp;&nbsp; _FF_OPLS<br />&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;opls_968&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; OXY&nbsp;&nbsp; OX1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00<br />&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_969&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp; OXY&nbsp;&nbsp; OX1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00<br />#endif<br /><br />Now in the /top/&nbsp;&nbsp;directory :<br />- I added two atom types to file "ffoplsaa.itp" as<br />&nbsp; opls_968&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.99940&nbsp; ; OX1<br />&nbsp; opls_969&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.99940 ; OX2<br /><br />- I added opls_968 and opls_969 atom types with parameters same as that for opls_002 atom type with charge 0.000 in file "ffoplsaanb.itp"<br /><br />- I added bond length and bond energy for oxygen gas&nbsp;in&nbsp;"ffoplsaabon.itp"&nbsp;<br />OX1&nbsp;&nbsp; OX2&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.12100 498000.0<br /><br />Now using the above parameters i m trying to simulate the system&nbsp;but getting errors as given above.&nbsp;<br />Are these parameters&nbsp; correct . Can someone provide me the parameters for oxygen gas so that my simulation can run.<br /><br><Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/1961853_1954773/creative_2053296.gif'  alt='Shaadi Partner'  border=0></td></TR></Table>