<P>
Dear David,<BR>
<BR>
I post the input file for the NVE run.<BR>
<BR>
I use SHAKE, Would it be better if I use LINCS?<BR>
<BR>
title&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = NVE<BR>
cpp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = /usr/bin/cpp<BR>
; RUN CONTROL PARAMETERS<BR>
integrator&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = md<BR>
; Start time and timestep in ps<BR>
tinit&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 500<BR>
dt&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 0.0015;<BR>
nsteps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 360000; 540 ps<BR>
; For exact run continuation or redoing part of a run<BR>
init_step&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
; number of steps for center of mass motion removal<BR>
nstcomm&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<BR>
; group(s) for center of mass motion removal<BR>
comm-grps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = SOL<BR>
; OUTPUT CONTROL OPTIONS<BR>
; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)<BR>
nstxout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
nstvout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
nstfout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
; Checkpointing helps you continue after crashes<BR>
nstcheckpoint&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000<BR>
; Output frequency for energies to log file and energy file<BR>
nstlog&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 100000<BR>
nstenergy&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000<BR>
; Output frequency and precision for xtc file<BR>
nstxtcout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
xtc-precision&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000<BR>
; select multiple groups. By default all atoms will be written.<BR>
; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<BR>
nstlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 10<BR>
; ns algorithm (simple or grid)<BR>
ns_type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = grid<BR>
; Periodic boundary conditions:<BR>
pbc&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = xyz<BR>
; nblist cut-off<BR>
rlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.0<BR>
; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<BR>
; Method for doing electrostatics<BR>
coulombtype&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = pme<BR>
rcoulomb&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 1.0<BR>
ewald_rtol&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 1e-5&nbsp; ; since erfc(sigma*rcutoff)=ewald_rtol<BR>
optimize_fft&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = yes<BR>
; Relative dielectric constant for the medium<BR>
epsilon_r&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1&nbsp; ; for water<BR>
; Method for doing Van der Waals<BR>
vdw-type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = cut-off<BR>
rvdw&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 1.0<BR>
; Spacing for the PME/PPPM FFT grid<BR>
fourierspacing&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 0.12 ;<BR>
; EWALD/PME/PPPM parameters<BR>
pme_order&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 4<BR>
ewald_geometry&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 3d<BR>
epsilon_surface&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS<BR>
; Temperature coupling<BR>
Tcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = no<BR>
Pcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = no<BR>
; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN<BR>
gen_vel&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<BR>
gen-temp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 300<BR>
gen-seed&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 173529<BR>
; OPTIONS FOR BONDS<BR>
constraints&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = all-bonds<BR>
constraint_algorithm&nbsp; &nbsp;  = shake<BR>
shake_tol&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.0001<BR>
morse&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
<BR>
rgds,<BR>
Jes<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
On Fri, 28 Mar 2008 David van der Spoel wrote :<BR>
&gt;JMandumpal wrote:<BR>
&gt;&gt;Dear list,<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  These are the energy I obtained running 60ps NVE of 500 TIP5P water molecules- I still wonder why the energy has not been converged even having run for 160 ps in total (100 NVT + 60 NVE).<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;it is difficult to run NVE.<BR>
&gt;what constraint settings etc. do you use and what cutoffs.<BR>
&gt;<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  100.000000&nbsp; -15887.623027<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  101.500000&nbsp; -15887.961065<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  103.000000&nbsp; -15894.289055<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  104.500000&nbsp; -15898.915859<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  106.000000&nbsp; -15903.562196<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  107.500000&nbsp; -15906.540627<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  109.000000&nbsp; -15912.662455<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  110.500000&nbsp; -15915.571468<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  112.000000&nbsp; -15917.889520<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  113.500000&nbsp; -15923.955612<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  115.000000&nbsp; -15929.135491<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  116.500000&nbsp; -15932.507824<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  118.000000&nbsp; -15937.882055<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  119.500000&nbsp; -15941.562218<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  121.000000&nbsp; -15945.644608<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  122.500000&nbsp; -15949.063632<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  124.000000&nbsp; -15953.389791<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  125.500000&nbsp; -15957.524802<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  127.000000&nbsp; -15962.299775<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  128.500000&nbsp; -15967.579640<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  130.000000&nbsp; -15972.576889<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  131.500000&nbsp; -15975.427574<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  133.000000&nbsp; -15980.852975<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  134.500000&nbsp; -15985.584201<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  136.000000&nbsp; -15988.488715<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  137.500000&nbsp; -15993.295989<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  139.000000&nbsp; -15997.867767<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  140.500000&nbsp; -16000.630051<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  142.000000&nbsp; -16005.100451<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  143.500000&nbsp; -16009.649201<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  145.000000&nbsp; -16014.842764<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  146.500000&nbsp; -16019.498233<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  148.000000&nbsp; -16022.975477<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  149.500000&nbsp; -16027.677441<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  151.000000&nbsp; -16032.965475<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  152.500000&nbsp; -16036.043976<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  154.000000&nbsp; -16039.844112<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  155.500000&nbsp; -16044.836132<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  157.000000&nbsp; -16047.992186<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  158.500000&nbsp; -16052.196926<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  160.000000&nbsp; -16056.946593<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;-----------------------<BR>
&gt;&gt;I corrected these variables to:<BR>
&gt;&gt;tinit&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 100<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;init_step&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;Where could be the problem, then? Or should I run for even longer?<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;regards,<BR>
&gt;&gt;Jes<BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/2083980_2076545/2084123/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2083980_2076545/creative_2084123.gif'  alt='TJ'  border=0></a></td></TR></Table>