To the GMX developers.<br><br>Hi!<br>I am attempting to perform distance restrained energy minimization and I have a specific doubt regarding the &quot;define&quot; parameter in em.mdp. <br>To specify distance restraints I include disre= simple in the em.mdp file. <br>
Do I need to specify some thing like &quot;define = -DDISRES&quot;?<br>I have not seen some thing like this in the gromacs manual but I was going thro the GMX discussion list and seen some folks define distance restraints as &quot;define = -DDISRES&quot;. I am under the impression that by specifying disre=simple I automatically turn on distance restraints. Also I saw one person had &quot;gen_vel=yes&quot; in em.mdp is this option possible . <br>
Thanks<br>Jayant<br><br clear="all"><br>-- <br>Jayasundar Jayant James<br><br><a href="http://www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp">www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp</a>) <br>Residence -24935864, cell-9841042164