Dear All<br><br>I am running a 128-lipid bilayer simulation with standard parameters. The simulation abruptly crashed after 2 ns, and a look into the pdb files suggested that bonds were being broken and eventually the lipids explode. I tried increasing the cutoffs from 1.0 to 1.4, and this time also, the simulation exploded, but at a different time point.<br>
<br>The energy remains nice and stable till the explosion. <br><br>How does one fix this ? What is planting these bombs ?<br><br>Thank you for suggestions.<br clear="all"><br>-- <br>Maria G.<br>Technical University of Denmark<br>
Copenhagen