Hi,<br><br>Sorry for the incomplete details. Here they are now:<br><br>I started with a well-equilibrated POPC bilayer, and changed one POPC lipid to a lipid of my interest. I wrote the topology file for the new lipid accordingly. <br>
<br>After that, I did some simple steepest descent minimization, and followed it up by dynamics. Here is the .mdp file for the runs. There is a preceding 25,000-step simulation where the initial velocities are assigned. The mdp file below is what is being used for equilibrium dynamics.<br>
<br>thank you for the suggestions.&nbsp; I will also explore the archives<br><br>;<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Input file<br>;<br>;-------------------------<br>; BASICS<br>;-------------------------<br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; dummy-file<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /usr/bin/cpp<br>
integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md<br>tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br>init_step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 25000<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100000<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002<br>;-------------------------<br>; BOND PARAMETERS<br>;-------------------------<br>
constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; hbonds<br>constraint_algorithm = lincs<br>unconstrained_start =&nbsp; yes<br>lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>lincs_warnangle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 30<br>;-------------------------<br>; OUTPUT CONTROL<br>;-------------------------<br>
nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 5000 ; positions<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 5000 ; velocity<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 5000 ; energies to log file<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 5000 ; energy to energy file<br>;-------------------------<br>
; MISCELLANEOUS<br>;-------------------------<br>comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; linear<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<br>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; xyz<br>; ------------------<br>; NONBONDED INTERACTIONS<br>
; ------------------<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cut-off<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1<br>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>
ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-5<br>; ---------------------------<br>; NPT<br>; ---------------------------<br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; LIP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Solvent<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br>
ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 313.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 313.0<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<br>Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; semiisotropic<br>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<br>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5&nbsp; 4.5e-5<br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<br>
; ---------------------------<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br>; ---------------------------<br><br><br><br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Apr 4, 2008 at 6:44 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt; wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="Ih2E3d">Quoting &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;:<br>

<br>
&gt; Quoting maria goranovic &lt;<a href="mailto:mariagoranovic@gmail.com">mariagoranovic@gmail.com</a>&gt;:<br>
&gt;<br>
&gt; &gt; Dear All<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; I am running a 128-lipid bilayer simulation with standard parameters. The<br>
&gt; &gt; simulation abruptly crashed after 2 ns, and a look into the pdb files<br>
&gt; &gt; suggested that bonds were being broken and eventually the lipids explode. I<br>
&gt; &gt; tried increasing the cutoffs from 1.0 to 1.4, and this time also, the<br>
&gt; &gt; simulation exploded, but at a different time point.<br>
<br>
</div>And as an aside, broken bonds are only a visualization effect; mdrun doesn&#39;t<br>
write broken molecules. &nbsp;Also, providing your .mdp file would be of use.<br>
<font color="#888888"><br>
-Justin<br>
</font><div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; The energy remains nice and stable till the explosion.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; How does one fix this ? What is planting these bombs ?<br>
&gt;<br>
&gt; You&#39;ll have to describe how you minimized and equilibrated your bilayer<br>
&gt; before<br>
&gt; we&#39;ll have any idea what&#39;s going on. &nbsp;Also have a thorough look through the<br>
&gt; archives; many users have posted about bilayers exploding (including yours<br>
&gt; truly).<br>
&gt;<br>
&gt; -Justin<br>
&gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Thank you for suggestions.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; --<br>
&gt; &gt; Maria G.<br>
&gt; &gt; Technical University of Denmark<br>
&gt; &gt; Copenhagen<br>
&gt; &gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; ========================================<br>
&gt;<br>
&gt; Justin A. Lemkul<br>
&gt; Graduate Research Assistant<br>
&gt; Department of Biochemistry<br>
&gt; Virginia Tech<br>
&gt; Blacksburg, VA<br>
&gt; <a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
&gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/</a><br>
&gt;<br>
&gt; ========================================<br>
<br>
<br>
<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/</a><br>
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</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Maria G.<br>Technical University of Denmark<br>Copenhagen