<P>
&nbsp; <BR>
Hi Markus,<BR>
<BR>
It means that I should change cutoff to the Shift, right (manual 7.3.10)<BR>
<BR>
jes<BR>
<BR>
On Sat, 05 Apr 2008 Markus Miettinen wrote :<BR>
&gt;Hi Jes,<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;&nbsp; to me it seems that you have rlist = rvdw:<BR>
&gt;<BR>
&gt;&gt;nstlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 10<BR>
&gt;&gt;rlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.0<BR>
&gt;&gt;rvdw&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 1.0<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;&nbsp; This will lead to a loss of energy, because between list updates<BR>
&gt;&nbsp; two particles originally at distance, say, 1.01 from each other<BR>
&gt;&nbsp; can easily move within rvdw from each other, but they will not<BR>
&gt;&nbsp; &quot;see&quot; each other until the lists are updated again.<BR>
&gt;<BR>
&gt;&nbsp; In other words, you have particles moving within the attractive<BR>
&gt;&nbsp; LJ-potential region without giving them the speed-up that the<BR>
&gt;&nbsp; attractive potential should provide. This mistake equals loss of<BR>
&gt;&nbsp; energy, and becomes apparent in NVE. In NVT the thermostat<BR>
&gt;&nbsp; (artificially!) fixes the energy loss.<BR>
&gt;<BR>
&gt;&nbsp; The correct way is to set rlist &gt; rvdw.<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;Cheers,<BR>
&gt;markus.<BR>
&gt;<BR>
&gt;--<BR>
&gt;Halli delendum est.<BR>
&gt;<BR>
&gt;On Apr 3, 2008, at 13:00 , gmx-users-request@gromacs.org wrote:<BR>
&gt;<BR>
&gt;&gt;Date: 3 Apr 2008 08:12:40 -0000<BR>
&gt;&gt; From: &quot;JMandumpal&quot; &lt;jesbman@rediffmail.com&gt;<BR>
&gt;&gt;Subject: Re: Re: [gmx-users] NVT and NVE<BR>
&gt;&gt;To: &quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>
&gt;&gt;Message-ID: &lt;20080403081240.1402.qmail@f4mail-234-118.rediffmail.com&gt;<BR>
&gt;&gt;Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;Dear David,<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;I post the input file for the NVE run.<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;I use SHAKE, Would it be better if I use LINCS?<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;title&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = NVE<BR>
&gt;&gt;cpp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = /usr/bin/cpp<BR>
&gt;&gt;; RUN CONTROL PARAMETERS<BR>
&gt;&gt;integrator&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = md<BR>
&gt;&gt;; Start time and timestep in ps<BR>
&gt;&gt;tinit&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 500<BR>
&gt;&gt;dt&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 0.0015;<BR>
&gt;&gt;nsteps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 360000; 540 ps<BR>
&gt;&gt;; For exact run continuation or redoing part of a run<BR>
&gt;&gt;init_step&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
&gt;&gt;; number of steps for center of mass motion removal<BR>
&gt;&gt;nstcomm&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<BR>
&gt;&gt;; group(s) for center of mass motion removal<BR>
&gt;&gt;comm-grps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = SOL<BR>
&gt;&gt;; OUTPUT CONTROL OPTIONS<BR>
&gt;&gt;; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)<BR>
&gt;&gt;nstxout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
&gt;&gt;nstvout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
&gt;&gt;nstfout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
&gt;&gt;; Checkpointing helps you continue after crashes<BR>
&gt;&gt;nstcheckpoint&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000<BR>
&gt;&gt;; Output frequency for energies to log file and energy file<BR>
&gt;&gt;nstlog&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 100000<BR>
&gt;&gt;nstenergy&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000<BR>
&gt;&gt;; Output frequency and precision for xtc file<BR>
&gt;&gt;nstxtcout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
&gt;&gt;xtc-precision&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000<BR>
&gt;&gt;; select multiple groups. By default all atoms will be written.<BR>
&gt;&gt;; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<BR>
&gt;&gt;nstlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 10<BR>
&gt;&gt;; ns algorithm (simple or grid)<BR>
&gt;&gt;ns_type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = grid<BR>
&gt;&gt;; Periodic boundary conditions:<BR>
&gt;&gt;pbc&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = xyz<BR>
&gt;&gt;; nblist cut-off<BR>
&gt;&gt;rlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.0<BR>
&gt;&gt;; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<BR>
&gt;&gt;; Method for doing electrostatics<BR>
&gt;&gt;coulombtype&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = pme<BR>
&gt;&gt;rcoulomb&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 1.0<BR>
&gt;&gt;ewald_rtol&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 1e-5&nbsp; ; since erfc(sigma*rcutoff) =ewald_rtol<BR>
&gt;&gt;optimize_fft&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = yes<BR>
&gt;&gt;; Relative dielectric constant for the medium<BR>
&gt;&gt;epsilon_r&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1&nbsp; ; for water<BR>
&gt;&gt;; Method for doing Van der Waals<BR>
&gt;&gt;vdw-type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = cut-off<BR>
&gt;&gt;rvdw&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 1.0<BR>
&gt;&gt;; Spacing for the PME/PPPM FFT grid<BR>
&gt;&gt;fourierspacing&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 0.12 ;<BR>
&gt;&gt;; EWALD/PME/PPPM parameters<BR>
&gt;&gt;pme_order&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 4<BR>
&gt;&gt;ewald_geometry&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 3d<BR>
&gt;&gt;epsilon_surface&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
&gt;&gt;; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS<BR>
&gt;&gt;; Temperature coupling<BR>
&gt;&gt;Tcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = no<BR>
&gt;&gt;Pcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = no<BR>
&gt;&gt;; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN<BR>
&gt;&gt;gen_vel&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<BR>
&gt;&gt;gen-temp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 300<BR>
&gt;&gt;gen-seed&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 173529<BR>
&gt;&gt;; OPTIONS FOR BONDS<BR>
&gt;&gt;constraints&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = all-bonds<BR>
&gt;&gt;constraint_algorithm&nbsp; &nbsp;  = shake<BR>
&gt;&gt;shake_tol&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.0001<BR>
&gt;&gt;morse&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;rgds,<BR>
&gt;&gt;Jes<BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/2083762_2076330/2083908/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2083762_2076330/creative_2083908.gif'  alt='Maruti Dzire'  border=0></a></td></TR></Table>