<div>Is your simulation box (20*20*20 A^3) big enough?</div>
<div>&nbsp;</div>
<div><br><br>&nbsp;</div>
<div class="gmail_quote">2008/4/7 Mahnam &lt;<a href="mailto:mahnam@ibb.ut.ac.ir">mahnam@ibb.ut.ac.ir</a>&gt;:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div>In God We Trust<br>Hello GMX users<br>I want to equilibrate my protein in a mix solvent, befor this work, I made a cubic box that it contained 215 spc water and 5 proline molecule (without protein) with 20*20*20 angestrom and then I minimized it. when I do position restrain with NPT ensemble and pressure coupling (for 20 ps) for this box, and the box size increase and big holes are created in the box. Also I can do MD at 100 K after this step, but MD at 200 K is imposible and it says :<br>
<br>Grid: 25 x 25 x 25 cells<br>WARNING: your box is exploding! (ncells = 15625)<br>-------------------------------------------------------<br>Program mdrun, VERSION 3.3.1<br>Source code file: gmxfio.c, line: 784<br><br><b>Fatal error:<br>
Can not read/write topologies to file type mdp</b><br><br>I attached the mdp&nbsp; file for position restrain step to this mail.<br>whould you please guide my for solving this poblem.&nbsp; <br><br>Many thanks in advance for your help and your reply.<br>
Yours truly <br>Karim Mahnam<br>Institute of Biochemistry&nbsp; and Biophysics (IBB)<br>Tehran University <br>P.O.box 13145-1384<br>Tehran <br>Iran <br><a href="http://www.ibb.ut.ac.ir/" target="_blank">http://www.ibb.ut.ac.ir/</a><br>
<br></div><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>