<HTML>
<head>  <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii"> 
<style title="table borders">.htmtableborders, .htmtableborders td, 
.htmtableborders th {border : 1px dashed lightgrey ! important;}  </style> 
<style type="text/css">html, body { border: 0px; }  span.macro, span.macro 
ul, span.macro div, span.macro p {background : #CCCCCC;} </style> <style 
type="text/css"> p{margin-bottom: 0.15em;margin-top: 
0.15em;}body{font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:10pt;}; 
</style><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
<style title="table borders">.htmtableborders, .htmtableborders td,  
.htmtableborders th {border : 1px dashed lightgrey ! important;}  </style>
<style type="text/css">html, body { border: 0px; }  span.macro, span.macro  
ul, span.macro div, span.macro p {background : #CCCCCC;} </style><style 
type="text/css"> p{margin-bottom: 0.15em;margin-top:  
0.15em;}body{font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:10pt;};  
</style></head><body>                 In God We Trust<br>Hello GMX   
users<br>I want   to equilibrate my protein in a  mix solvent, befor this  
work,  I made a   cubic box that it contained 215 spc  water and 5 proline  
molecule  (without   protein) with 20*20*20 angestrom and  then I minimized  
it. when I do    position restrain with NPT ensemble and  pressure coupling  
(for 20 ps) for    this box, and the box  size increase and big holes are 
created  in the box.   Also I  can do MD at 100  K after this step, but MD 
at 200 K is  imposible   and it  says :<br><br>Grid:  25 x 25 x 25 cells<br>
WARNING: your  box is   exploding!  (ncells = 15625)<br>     
-------------------------------------------------------<br>Program mdrun,    
  VERSION 3.3.1<br>Source code file: gmxfio.c, line: 784<br><br><b>Fatal     
 error:<br>Can not read/write topologies to file type mdp</b><br><br>I     
attached  the mdp&nbsp; file for position restrain step to this mail.<br>    
whould you  please guide my for solving this poblem.&nbsp; <br><br> Many     
thanks in  advance for your help and your reply.<br> Yours truly <br> Karim  
   Mahnam<br>  Institute of Biochemistry&nbsp; and Biophysics (IBB)<br>  
Tehran     University  </body>
</HTML>