Hi !<br>I am attempting to simulate a protein that is phosphorylated below is a part of the PDF file <br>HETATM&nbsp; 460&nbsp; P&nbsp;&nbsp; PO3 A 200&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.995&nbsp;&nbsp; 1.523&nbsp;&nbsp; 4.011&nbsp; 1.00&nbsp; 0.89&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P<br>HETATM&nbsp; 461&nbsp; O1&nbsp; PO3 A 200&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.287&nbsp;&nbsp; 1.882&nbsp;&nbsp; 5.272&nbsp; 1.00&nbsp; 1.16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>
HETATM&nbsp; 462&nbsp; O2&nbsp; PO3 A 200&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.841&nbsp;&nbsp; 0.179&nbsp;&nbsp; 4.048&nbsp; 1.00&nbsp; 0.77&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>HETATM&nbsp; 463&nbsp; O3&nbsp; PO3 A 200&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.134&nbsp;&nbsp; 1.500&nbsp;&nbsp; 2.694&nbsp; 1.00&nbsp; 0.97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>HETATM&nbsp; 464&nbsp; P&nbsp;&nbsp; PO3 A 201&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.207&nbsp; -1.138&nbsp; -1.342&nbsp; 1.00&nbsp; 1.31&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P<br>
HETATM&nbsp; 465&nbsp; O1&nbsp; PO3 A 201&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.997&nbsp; -2.551&nbsp; -0.914&nbsp; 1.00&nbsp; 1.43&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>HETATM&nbsp; 466&nbsp; O2&nbsp; PO3 A 201&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.918&nbsp; -0.211&nbsp; -1.324&nbsp; 1.00&nbsp; 1.47&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>HETATM&nbsp; 467&nbsp; O3&nbsp; PO3 A 201&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.927&nbsp; -0.914&nbsp; -2.727&nbsp; 1.00&nbsp; 1.41&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>
<br>but upon executing pdb2gmx of the PDB file I get an error<br>-----------------------------------------------------------------<br>Fatal error:<br>Residue &#39;PO3&#39; not found in residue topology database<br>------------------------------------------------------------------<br>
<br>I do know that DNA can be simulated in GROMOS (option 0 of pdb2gmx). So I am wondering how to overcome the above error.<br><br>Awaiting suggestions<br>Thanks<br>Jayant<br><br clear="all"><br>-- <br>Jayasundar Jayant James<br>
<br><a href="http://www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp">www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp</a>) <br>Residence -24935864, cell-9841042164