<div>Hi all,</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>In my system, I have 1 protein, 2 calcium atoms, and 1 chloride atom. When I used trjconv to write the protein out as PDB file, it worked fine. However, when I tried to write the calciums and chloride out using the same command (but selecting different group to write out), I got the following fatal error:</div>

<div>&nbsp;</div>
<div>for calcium:</div>
<div>Select group for output<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; System) has 22737 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Protein) has&nbsp;&nbsp; 894 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 (&nbsp;&nbsp; Protein-H) has&nbsp;&nbsp; 707 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C-alpha) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 (&nbsp;&nbsp;&nbsp; Backbone) has&nbsp;&nbsp; 267 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 (&nbsp;&nbsp; MainChain) has&nbsp;&nbsp; 357 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 (MainChain+Cb) has&nbsp;&nbsp; 440 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7 ( MainChain+H) has&nbsp;&nbsp; 447 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8 (&nbsp;&nbsp; SideChain) has&nbsp;&nbsp; 447 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9 ( SideChain-H) has&nbsp;&nbsp; 350 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10 ( Prot-Masses) has&nbsp;&nbsp; 894 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11 ( Non-Protein) has 21843 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ca) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL) has 21840 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Cl) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Other) has 21843 elements<br>Select a group: 12<br>Selected 12: &#39;Ca&#39;<br>Reading frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 time&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; <br>
Precision of traj.xtc is 0.001 (nm)<br>Segmentation fault&nbsp; 3 time&nbsp; 150.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; -&gt;&nbsp; frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 time&nbsp; 150.000</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>for chloride:</div>
<div>Select group for output<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; System) has 22737 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Protein) has&nbsp;&nbsp; 894 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 (&nbsp;&nbsp; Protein-H) has&nbsp;&nbsp; 707 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C-alpha) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 (&nbsp;&nbsp;&nbsp; Backbone) has&nbsp;&nbsp; 267 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 (&nbsp;&nbsp; MainChain) has&nbsp;&nbsp; 357 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 (MainChain+Cb) has&nbsp;&nbsp; 440 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7 ( MainChain+H) has&nbsp;&nbsp; 447 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8 (&nbsp;&nbsp; SideChain) has&nbsp;&nbsp; 447 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9 ( SideChain-H) has&nbsp;&nbsp; 350 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10 ( Prot-Masses) has&nbsp;&nbsp; 894 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11 ( Non-Protein) has 21843 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ca) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL) has 21840 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Cl) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Other) has 21843 elements<br>Select a group: 14<br>Selected 14: &#39;Cl&#39;<br>Reading frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 time&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; <br>
Precision of traj.xtc is 0.001 (nm)</div>
<div>-------------------------------------------------------<br>Program trjconv, VERSION 3.3.2<br>Source code file: gmx_trjconv.c, line: 994</div>
<div>Fatal error:<br>Index[0] 22737 is larger than the number of atoms in the trajectory file (897)<br>-------------------------------------------------------<br></div>
<div>Does anybody know what might be wrong? Maybe the .tpr or .xtc files are not complete? Is there any way to check? Thanks!</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Peggy</div>