<span style="font-weight: bold;">Hi!</span><br style="font-weight: bold;"><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">I'm trying to minimize a protein into the box filled with solvent. </span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">I converted the pdb file into gro file, constructed a triclinic box (volume of ~337 nm3) and filled with 9696 water molecules. I performed the minimization with 150000 steps, using steepest descent integrator (mdp file enclosed).</span><br><br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Yo<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /lib/cpp<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; -DFLEX_SPC<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; none<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;
 steep<br>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.0001<br>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1<br>nstcgsteep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 150000<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<br>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 100<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;
 100<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; PME<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<br>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4<br>; Berendsen temperature coupling is on in four groups<br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br>; Isotropic pressure coupling is now on<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br><br><br><span
 style="font-weight: bold;">For this particular simulation, the minimization process genarates an error message:</span><br><br>Getting Loaded...<br>Reading file sj2_steep.tpr, VERSION 3.3.3 (single precision)<br>Loaded with Money<br><br>Steepest Descents:<br>&nbsp;&nbsp; Tolerance (Fmax)&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.00000e-04<br>&nbsp;&nbsp; Number of steps&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 150000<br>Step=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0, Dmax= 1.0e-01 nm, Epot= -2.43719e+05 Fmax= 1.22008e+06, atom= 4686<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Step=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1, Dmax= 1.0e-01 nm, Epot= -2.74902e+05 Fmax= 1.82701e+05, atom= 14670<br><br>Back Off! I just backed up step1.pdb to ./#step1.pdb.1#<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Step=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2, Dmax= 1.2e-01 nm, Epot= -3.14226e+05 Fmax= 1.01056e+05, atom= 14672<br><br>Back Off! I just backed up step2.pdb to ./#step2.pdb.1#<br>Wrote pdb files with previous and
 current coordinates<br>Step=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3, Dmax= 1.4e-01 nm, Epot= -3.45258e+05 Fmax= 8.00739e+04, atom= 18315<br><br>Back Off! I just backed up step3.pdb to ./#step3.pdb.1#<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Step=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4, Dmax= 1.7e-01 nm, Epot= -3.66329e+05 Fmax= 5.66550e+04, atom= 10626<br><br>Back Off! I just backed up step4.pdb to ./#step4.pdb.1#<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Step=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5, Dmax= 2.1e-01 nm, Epot= -1.37090e+23 Fmax=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; inf, atom= 5356<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program mdrun, VERSION 3.3.3<br>Source code file: nsgrid.c, line: 226<br><br>Range checking error:<br>Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid<br>based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter<br>errors that give particles very high velocities you might end up with
 some<br>coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot<br>put these on a grid, so this is usually where we detect those errors.<br>Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential<br>energy seems reasonable before trying again.<br><br>Variable ci has value -2147483648. It should have been within [ 0 .. 3240 ]<br><br>-------------------------------------------------------<br><br><span style="font-weight: bold;">Does anyone know how can I fix it???</span><br style="font-weight: bold;"><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Best Regard!</span><br style="font-weight: bold;"><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Ana Carolina</span><br><p>&#32;


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