Dear Experts,<br>Hi ! I am doing simulation of cholera toxin, one with GTP( guanosine triphosphate) and other without it.The without GTP MD simulation I have done, now I started the other and when I used the pdb2gmx command on pdb file it says:<br><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">Program pdb2gmx, VERSION 3.3.1</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">Source code file: resall.c, line: 438</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">Fatal error:</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">Residue 'GTP' not found in residue topology database</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);">Earlier this already happen so I left that and was started the pdb having GTP removed but
 this time it is necessary for me.Should I use prodrg server or some thing else.<br>Hoping for guidance.<br>Lal badshah.<br><p>&#32;Send instant messages to your online friends http://uk.messenger.yahoo.com