Dear Mark,<br>When I enter from root account the following is the result:<br><span style="font-weight: bold;">linux:~ # which mdrun</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">/sbin/mdrun</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">linux:~ # which grompp</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">/usr/bin/grompp</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">linux:~ # </span><br><br>But from user account the<br>&nbsp;<span style="font-weight: bold;">which mdrun</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">usr/bin/mdrun</span> <br>and also the<br>&nbsp;<span style="font-weight: bold;">which grompp</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">/usr/bin/grompp</span>&nbsp;&nbsp; <br>occured.<br>Actually I have very little experience with linux.I install VMD which didn't open in user account but opened only in root account so I
 do MD simulation in root accounts.If I do Md simulation from user account is this problem arises or not? Is there any command so that mdrun also operate in root account? A few mentioned in past mails archive of gromacs didn't work as I used them.<br>Regards,<br>Lal badshah.<br><p>&#32;Send instant messages to your online friends http://uk.messenger.yahoo.com