<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
FONT-SIZE: 10pt;
FONT-FAMILY:Tahoma
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'><div style="text-align: left;">Hi,<br><br>g_covar calculates the covariance matrix, which I guess is what you ask for.<br><br>Berk.<br></div><br><br><br><hr id="stopSpelling">&gt; Date: Mon, 21 Apr 2008 18:05:41 +0530<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] DCCM<br>&gt; From: ramya@research.iiit.ac.in<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Dear all,<br>&gt; <br>&gt;     In some of the papers i read a cross-correlation analysis is meant to<br>&gt; calculate the associated movements over the simulation for residues.<br>&gt; <br>&gt;     A value of Cij is calculated which when +ve means that the given<br>&gt; pair of atoms are moving together in the same direction and the same phase.<br>&gt; <br>&gt;     But i'm not sure of calculation of Cij. It would be helpful if anyone<br>&gt; who has performed DCCM analysis can guide me of the procedure needed<br>&gt; to follow.<br>&gt; <br>&gt; Thanks in adv.<br>&gt; Ramya.<br>&gt; <br>&gt; &gt; madam,<br>&gt; &gt;              what do you mean by cross correlation analysis if you explain<br>&gt; &gt; i can say  tools available<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Ramya Cherukupalli &lt;ramya@research.iiit.ac.in&gt; wrote:<br>&gt; &gt; Dear all,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;      I am presently working on MD of Lipases. I want to perform the<br>&gt; &gt; Dynamic Cross correlation analysis of the same. I have read some<br>&gt; &gt; papers..But i am still not clear on the procedure to be carried out.<br>&gt; &gt; Can anyone please help me out.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Thanks in adv.<br>&gt; &gt; Ramya.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ---------------------------------<br>&gt; &gt;  Unlimited freedom, unlimited storage. Get it now<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; *<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>