Dear gmx-users, <br>(This is not related to my previous question about the failure of the simulation. Now I guess that there are some technical problems in our cluster system.) <br><br>Hello gmx-users,&nbsp; I am not a quite new user, but still don&#39;t know many many thing. <br>
Planning an experiment I hope to listen to your advices. <br><br>Recently I plan to perform free energy calculation to test the stability of a loop in a protein. <br>To do so, I will select two atoms; one in the backbone atom of the loop and the other in the backbone of the protein nearby the loop region. <br>

Then, those sites are connected by a [ bond ] and the spring constant
will be changed from 0 to 100 as lambda changes from 0 to 1. (The equilibrium length is fixed to 20 A.)<br>
<br>I am wandering&nbsp; whether this simulation will be generally accepted or not. <br><br>Thank you for your attentions.<br><br>-- <br>--------------------------------------------------<br>&#39;God used beautiful mathematics in creating the world.&#39;<br>
-Paul Dirac <br>&#39;But he created too many objects.&#39;<br>-Seungpyo Hong <br><br>Seungpyo Hong <br>Master student at PBIL(Protein BioInformatics Lab.) in KAIST, Daejeon Korea<br>Tel. (82)-18-372-2468<br><a href="mailto:sphong_@kaist.ac.kr">sphong_@kaist.ac.kr</a><br>
<a href="mailto:sp1020@gmail.com">sp1020@gmail.com</a>