Hello,<br><br>I am simulating a trimer in a membrane. In one of my simulation&nbsp; two of the monomers are on one side of the box and the other monomer is on the other side of the box. I tried using trjconv to center the whole thing in the center of my simulation cell but have failed miserably. I also searched around for about an hour and could not find anything. <br>
<br>I use trjconv -f *.gro -s *.tpr -center rect -pbc whole -o *.gro. <br><br>Any advice?<br clear="all"><br>Thanks,<br><br>Ilya<br><br>-- <br>Ilya Chorny Ph.D.<br>