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<body class='hmmessage'><div style="text-align: left;"><br></div><br><br><br><hr id="stopSpelling">&gt; Date: Wed, 23 Apr 2008 06:56:32 -0700<br>&gt; From: schneemilch@yahoo.com<br>&gt; Subject: RE: [gmx-users] couette flow<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; --- On Wed, 4/23/08, Berk Hess &lt;gmx3@hotmail.com&gt; wrote:<br>&gt; <br>&gt; &gt; From: Berk Hess &lt;gmx3@hotmail.com&gt;<br>&gt; &gt; Subject: RE: [gmx-users] couette flow<br>&gt; &gt; To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>&gt; &gt; Date: Wednesday, April 23, 2008, 10:25 PM<br>&gt; &gt; &gt; Date: Wed, 23 Apr 2008 05:29:26 -0700<br>&gt; &gt; &gt; From: schneemilch@yahoo.com<br>&gt; &gt; &gt; Subject: RE: [gmx-users] couette flow<br>&gt; &gt; &gt; To: gmx3@hotmail.com<br>&gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; --- On Wed, 4/23/08, Berk Hess<br>&gt; &gt; &lt;gmx3@hotmail.com&gt; wrote:<br>&gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; &gt; From: Berk Hess &lt;gmx3@hotmail.com&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Subject: RE: [gmx-users] couette flow<br>&gt; &gt; &gt; &gt; To: schneemilch@yahoo.com<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Date: Wednesday, April 23, 2008, 7:27 PM<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Date: Wed, 23 Apr 2008 02:34:49 -0700<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; From: schneemilch@yahoo.com<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Subject: [gmx-users] couette flow<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Has anyone here used gromacs to simulate<br>&gt; &gt; couette flows<br>&gt; &gt; &gt; &gt; in slit pores? I can see that it would be<br>&gt; &gt; possible to use<br>&gt; &gt; &gt; &gt; the pull code but I would like to be able to run<br>&gt; &gt; in<br>&gt; &gt; &gt; &gt; parallel. Any tips before I begin modifying<br>&gt; &gt; source code<br>&gt; &gt; &gt; &gt; would be greatly appreciated.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Cheers, Matt<br>&gt; &gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; &gt; I don't see what this has to do with the pull<br>&gt; &gt; code. The<br>&gt; &gt; &gt; &gt; pull code is made for forces between<br>&gt; &gt; &gt; &gt; centers of mass of groups.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; &gt; There are already some external force options in<br>&gt; &gt; the mdp<br>&gt; &gt; &gt; &gt; file.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; &gt; But I don't see how you would set up an<br>&gt; &gt; unbiased<br>&gt; &gt; &gt; &gt; couette flow.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; In reality the flow is generated by a pressure<br>&gt; &gt; difference.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; In a simulation you can apply an external force<br>&gt; &gt; or impose a<br>&gt; &gt; &gt; &gt; velocity profile.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; But both these options make presumptions about<br>&gt; &gt; the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; force/flow profile.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; &gt; Berk.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; Couette flow is shear driven, all you need is to have<br>&gt; &gt; one pore wall moving relative to the other. I figure this<br>&gt; &gt; could be done using the pull code by assigning each wall to<br>&gt; &gt; a different group and using the pull code to increase the<br>&gt; &gt; lateral distance between them at a constant rate. But it<br>&gt; &gt; seems that the pull code does not work in parallel. Is<br>&gt; &gt; there another way to prescribe the motion of one of the<br>&gt; &gt; walls?<br>&gt; &gt; &gt; Cheers, Matt<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Ah, sorry, I confused it with Poiseuille.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; The deform option does shear boundary conditions.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; But if you want to move real walls, there is currently no<br>&gt; &gt; simple option that gives<br>&gt; &gt; a group a constant velocity. The pull code should indeed do<br>&gt; &gt; it. In the CVS version<br>&gt; &gt; the pull code also works in parallel.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; BTW the reply address in your mail is your own address,<br>&gt; &gt; instead of gmx-users,<br>&gt; &gt; I don't you if you caused this, or if something is<br>&gt; &gt; wrong on the server.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Berk.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; In that case I guess it would be easiest to switch to the CVS version. Thanks for the tip.<br>&gt; Cheers, Matt<br><br>I just realized that this will probably not work.<br>I assume you have periodic walls. In that case one can not define a center of mass.<br><br>The easiest way is probably editing the code and use the accelerate group option in the mdp file.<br>It is not difficult to modify the update routine(s) in src/mdlib/update.c to apply a velocity<br>instead of an acceleration.<br><br>Another option would be to actually apply an acceleration to one of the walls and this will<br>then result in a certain shear rate.<br><br>Berk.<br><br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt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