what is yr real prob tell me?<br><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 24, 2008 at 5:49 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Quoting chandrabhan seniya &lt;<a href="mailto:chandrabhanseniya@gmail.com">chandrabhanseniya@gmail.com</a>&gt;:<br>
<br>
&gt; no prob you wait for some time it will write topology file and the proceed<br>
&gt; further..<br>
<br>
I think that a lipid molecule trying to tear itself apart at step 0 would fall<br>
under the category of a &quot;problem,&quot; and it will not disappear on it&#39;s own if we<br>
conveniently ignore it...<br>
<br>
&gt;<br>
&gt; On Thu, Apr 24, 2008 at 5:04 PM, &lt;<a href="mailto:gadies@fh.huji.ac.il">gadies@fh.huji.ac.il</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; &gt; Hi,<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; The full mdrun output when the simulation blows up is:<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Step 0, time 0 (ps) &nbsp;LINCS WARNING<br>
&gt; &gt; relative constraint deviation after LINCS:<br>
&gt; &gt; max inf (between atoms 6 and 7) rms inf<br>
&gt; &gt; bonds that rotated more than 30 degrees:<br>
&gt; &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; .<br>
&gt; &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; .<br>
&gt; &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; .<br>
&gt; &gt; Warning: 1-4 interaction between 1 and 6 at distance<br>
&gt; &gt; 324490777485109120.000 which is larger than the 1-4 table size 1.000 nm<br>
&gt; &gt; These are ignored for the rest of the simulation<br>
&gt; &gt; This usually means your system is exploding,<br>
&gt; &gt; if not, you should increase table-extension in your mdp file<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Thanks Gadi<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Quoting &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;:<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; Did your minimization converge to a nice, negative potential energy?<br>
&gt; &gt; &gt; &nbsp;Also, what<br>
&gt; &gt; &gt; is the full mdrun output when the simulation blows up? &nbsp;You&#39;ve &nbsp;quoted<br>
&gt; &gt; &gt; the last<br>
&gt; &gt; &gt; bit, but it would be more informative to see the whole output, or at<br>
&gt; &gt; &gt; least a<br>
&gt; &gt; &gt; description of it (i.e., LINCS warnings).<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; -Justin<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; Quoting <a href="mailto:gadies@fh.huji.ac.il">gadies@fh.huji.ac.il</a>:<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Hi,<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; I tried using no temperature coupling and no constraints, that did not<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; help.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; If I run the simulation without the position restraints it works OK.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Could there by something wrong with the posre file (I&#39;ll attach it at<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; the end of the email).<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; I want one of the atoms in the lipid to stay in one place and the rest<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; to wiggle around it. Is there any other way to do that which is not<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; position restraints.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Thanks Gadi<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; [ position_restraints ]<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; ; atom &nbsp;type &nbsp; &nbsp; &nbsp;fx &nbsp; &nbsp; &nbsp;fy &nbsp; &nbsp; &nbsp;fz<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;5 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;6 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;7 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;8 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;1000.0 &nbsp;1000.0 &nbsp;1000.0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;9 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 10 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 11 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 12 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 13 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 14 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 16 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 17 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 18 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 19 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 20 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 21 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 22 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 23 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 24 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 25 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 26 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 27 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 28 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 29 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 30 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 31 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 32 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 33 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 34 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 35 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 36 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 37 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 38 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 39 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 40 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 41 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 42 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 43 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 44 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 45 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 46 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 47 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 48 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 49 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; 50 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0 &nbsp;0 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Quoting Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; <a href="mailto:gadies@fh.huji.ac.il">gadies@fh.huji.ac.il</a> wrote:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Please generate replies to the mailing list sensibly. It&#39;s very hard<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; to<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; work out who you are quoting where in this email. It&#39;d be easy just<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; to<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; ignore it, and that&#39;s the last thing you should want.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; Hello,<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; I&#39;m trying to run a simulation with one lipid molecule in a fixed<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; simulation box without pbc.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; I set position restraints on one of the atoms and I seem to keep on<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; getting the following error:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Why do you want MD of a single lipid and a position restraint on one<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; atom? If you just want to see a lipid wiggle around, then don&#39;t<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; create<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; more numerical complexity.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; The lipid is DPPC.The .itp file I got from a coworker that used it<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; before for membrane MD simulations.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; To minimize the system I used steepest descent with the following<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; parameters:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Well if your grompp and mdrun completed successfully and without<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; warnings then you&#39;ve probably got an OK topology and structure.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; The combination of all bond constraints, a single lipid in vacuo,<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; temperature coupling and a single position restraint sounds like a<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; recipe for a numerical disaster, i.e. blowing up. Try with fewer of<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; those things applied, or get a more physically-reasonable system,<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; like<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; a whole membrane.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Mark<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; posting!<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; ----------------------------------------------------------------<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; This message was sent using IMP, the Internet Messaging Program.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; posting!<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; ========================================<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; Justin A. Lemkul<br>
&gt; &gt; &gt; Graduate Research Assistant<br>
&gt; &gt; &gt; Department of Biochemistry<br>
&gt; &gt; &gt; Virginia Tech<br>
&gt; &gt; &gt; Blacksburg, VA<br>
&gt; &gt; &gt; <a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
&gt; &gt; &gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/</a><br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; ========================================<br>
&gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>
&gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; &gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; &gt; &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
&gt; &gt; &gt; posting!<br>
&gt; &gt; &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; &gt; &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; &gt; &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ----------------------------------------------------------------<br>
&gt; &gt; This message was sent using IMP, the Internet Messaging Program.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; _______________________________________________<br>
&gt; &gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface<br>
&gt; &gt; or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt; &gt;<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br>