Hello all<br> Now I&#39;m getting a different error. <br><font face="Arial, Arial, Helvetica"><font size="2">Suddenly</font></font>, a water molecule fragments itself and the simulation stops. <br>
And when I do a complete simulation (with a number of steps immediately before the
crash) <br>it presents many inconsistent shifts. I search the forum for a solution and the tips were always <br>to update the Gromacs. I
am using version 3.3.3 and errors still occur. <br> Someone would have any suggestions?<br>Thanks<br>eef<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Apr 25, 2008 at 10:31 AM, Eudes Fileti &lt;<a href="mailto:fileti@ufabc.edu.br">fileti@ufabc.edu.br</a>&gt; wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Dear Mark, thank&nbsp; you for your reply and suggestion.<br>I was forgetting the follow detail: <br>
 &quot; Be absolutely sure that the &quot;terminal&quot; carbon atoms are sharing a bond in the topology file&quot; <br> Now everything is working perfectly!<br>
Thanks again<br>eef<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
Message: 1<br>
Date: Fri, 25 Apr 2008 09:14:00 +1000<br>
From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Infinite system PBC and Bonded Interaction<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:48111438.1020704@anu.edu.au" target="_blank">48111438.1020704@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
Eudes Fileti wrote:<br>
&gt; I am simulating a infinite graphene sheet in water.<br>
&gt; The expected is that the system it is infinite in xy plane.<br>
&gt; But after the simulation I note that the edges of the box (in particular<br>
&gt; the graphene) are not replicables, i. e., it do not match with its<br>
&gt; images. I suspect that I may be wrong in using any option mdp &nbsp;file<br>
&gt; I got the same result for both full and xyz for option pbd.<br>
&gt;<br>
&gt; What have I to do to my system be infinitely replicated,<br>
&gt; with all its bonded interaction matching?<br>
<br>
There&#39;s some advice here for an analogous problem that might help -<br>
<a href="http://wiki.gromacs.org/index.php/Carbon_Nanotube" target="_blank">http://wiki.gromacs.org/index.php/Carbon_Nanotube</a><br>
<br>
Mark<br>
<br>
<br><br></blockquote></div><br>_______________________________________<br>Eudes Eterno Fileti<br>Centro de Ciência Naturais e Humanas<br>Universidade Federal do ABC<br>Rua Catequese, 242 - 3º Andar<br>09090-400 Santo André - SP Brasil<br>

Tel: +55 11 4437-1600 ramal 408<br>skype: eefileti<br><a href="http://cromo.ufabc.edu.br/%7Efileti/" target="_blank">http://cromo.ufabc.edu.br/~fileti/</a>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>_______________________________________<br>Eudes Eterno Fileti<br>Centro de Ciência Naturais e Humanas<br>Universidade Federal do ABC<br>Rua Catequese, 242 - 3º Andar<br>
09090-400 Santo André - SP Brasil<br>Tel: +55 11 4437-1600 ramal 408<br>skype: eefileti<br><a href="http://cromo.ufabc.edu.br/~fileti/">http://cromo.ufabc.edu.br/~fileti/</a>