<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Thank you Mark!&nbsp; I had not noticed, since at this point in time I had
only wanted to choose one of the three conditions i.e. not more than
one at the same time.&nbsp; But your advice will come in useful for other MD
runs.&nbsp; Thanks again.<br>
<br>
Cheers,<br>
Soo Mei<br>
<br>
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a> wrote:
<blockquote cite="mid:20080428100007.E4CFB2435D@xray.bmc.uu.se"
 type="cite">
  <pre wrap="">Message: 1
Date: Mon, 28 Apr 2008 18:11:22 +1000
From: Mark Abraham <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">&lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;</a>
Subject: Re: [gmx-users] syntax for switching between multiple
        position        restraint .itp in the .top file
To: Discussion list for GROMACS users <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;</a>
Message-ID: <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:481586AA.6000808@anu.edu.au">&lt;481586AA.6000808@anu.edu.au&gt;</a>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed

Low Soo Mei wrote:
  </pre>
  <blockquote type="cite">
    <pre wrap="">Hi gmx-users,

If I use different position restraints during each stage of 
minimization, should I separately write all my restraints in the same 
.top file in this manner,

#ifdef LIPID_ALL_POSRE
#include "lipid_all_posre.itp"

#ifdef WATER_POSRE
#include "water_posre.itp"

#ifdef LIPID_HEADGRP_POSRE
#include "lipid_headgrp_posre.itp"

or would it be possible for me to group all my restraints together in 
the same .top file as a switch, (I'm also not sure if the syntax below 
is correct in Gromacs),

#ifdef LIPID_ALL_POSRE
#include "lipid_all_posre.itp"
#elseif WATER_POSRE
#include "water_posre.itp"
#else
#include "lipid_headgroup_posre.itp"
    </pre>
  </blockquote>
  <pre wrap=""><!---->
Apart from needing #endif directives, the logic behind these two forms 
is probably different. The first form allows you to set none, one or 
several of the conditions to occur, whereas the second form allows only 
the first condition identified as true to occur. Which you want is for 
you to judge.

Mark


  </pre>
</blockquote>
</body>
</html>