Hi All,<br>During analysis the following error also came;<br><br>mad@uop:~/project&gt; g_rmsf -s md323.tpr -f md323.xtc -o rmsf.xvg -oq bfac.pdb<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Giant Rising Ordinary Mutants for A Clerical Setup<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 3.3.1&nbsp; (-:<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The
 Netherlands.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2006, The GROMACS development team,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out http://www.gromacs.org for more information.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; g_rmsf&nbsp;
 (-:<br><br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------------<br>&nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md323.xtc&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb<br>&nbsp; -s&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md323.tpr&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xml<br>&nbsp; -n&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; index.ndx&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Index file<br>&nbsp; -q&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; eiwit.pdb&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Protein data bank file<br>&nbsp;-oq&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bfac.pdb&nbsp; Output, Opt! Protein data bank
 file<br>&nbsp;-ox&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xaver.pdb&nbsp; Output, Opt. Protein data bank file<br>&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; rmsf.xvg&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvgr/xmgr file<br>&nbsp;-od&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; rmsdev.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>&nbsp;-oc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; correl.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-dir&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; rmsf.log&nbsp; Output, Opt. Log file<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option&nbsp;&nbsp; Type&nbsp; Value&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]h&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print help info and quit<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; Set the nicelevel<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -b&nbsp;&nbsp; time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; First frame (ps) to
 read from trajectory<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -e&nbsp;&nbsp; time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Last frame (ps) to read from trajectory<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -dt&nbsp;&nbsp; time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Only use frame when t MOD dt = first time (ps)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]w&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; View output xvg, xpm, eps and pdb files<br>&nbsp;&nbsp; -[no]xvgr&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Add specific codes (legends etc.) in the output<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvg files for the xmgrace program<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]res&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Calculate averages for each residue<br>&nbsp; -[no]aniso&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Compute
 anisotropic termperature factors<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]fit&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Do a least squares superposition before computing<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSF. Without this you must make sure that the<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; reference structure and the trajectory match.<br><br>Reading file md323.tpr, VERSION 3.3.1 (single precision)<br>Reading file md323.tpr, VERSION 3.3.1 (single precision)<br>Select group(s) for root mean square calculation<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; System) has 65725 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Protein)
 has&nbsp; 5493 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 (&nbsp;&nbsp; Protein-H) has&nbsp; 2796 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C-alpha) has&nbsp;&nbsp; 347 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 (&nbsp;&nbsp;&nbsp; Backbone) has&nbsp; 1041 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 (&nbsp;&nbsp; MainChain) has&nbsp; 1390 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 (MainChain+Cb) has&nbsp; 1706 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7 ( MainChain+H) has&nbsp; 1723 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8 (&nbsp;&nbsp; SideChain) has&nbsp; 3770 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9 ( SideChain-H) has&nbsp; 1406 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10 ( Prot-Masses) has&nbsp; 5493 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11 ( Non-Protein) has 60232 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL) has 60228 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13
 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NA+) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Other) has 60232 elements<br>Select a group: 3<br>Selected 3: 'C-alpha'<br>-------------------------------------------------------<br>Program g_rmsf, VERSION 3.3.1<br>Source code file: gmxfio.c, line: 706<br><br>Can not open file:<br>md323.xtc<br>-------------------------------------------------------<br>Whats the reason ?<br>Regards,<br>Lal badshah<br><p>&#32;Send instant messages to your online friends http://uk.messenger.yahoo.com