Dear GMX-Users<br><br>I want to perform a MDS with lignd solvted in DMSO, this is how I setup the top file:<br><br>#include &quot;ffgmx.itp&quot; <br>#include &quot;lig_ffgmx.itp&quot;<br>#include &quot;dmso.itp&quot;<br><br>
[ molecules ]<br>; name&nbsp;&nbsp;&nbsp; number<br>Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>DMSO&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3245<br><br>My system works fine with &quot;ffgmx.itp&quot;. However, after I changed the parameters to &quot;ffG43a1.itp&quot; and &quot;lig_ff43a1.itp&quot; accordingly, the grompp command complains about &quot;Atomtype &#39;SD&#39; not found&quot;. I think this probably because the program didn&#39;t recognize the DMSO atomtype, but how should I setup the top file so as to include it properly and avoid the error? I think I might have missed some fundamental clues when seting up the FF43a1 top file.<br>
Any suggestions are appreciated!<br><br>Yours<br>Xin<br>