Hi,<br><br>Actually gnuplot can plot the xvg files without any modification. It skips all the lines in the file which is not compatible with the command: u 1:2<br>The problem is the missing word about how to draw the data. Maybe you have also recognized it meanwhile. In the correct form:<br>&gt;plot "rmsf.xvg" u 1:2 w lines<br><br>Zoltan <br><br><b><i>s lal badshah &lt;shahbiochemist@yahoo.com&gt;</i></b> wrote:<blockquote class="replbq" style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"> Dear Mark,<br>Hi ! Currently I tried to install xmgrace but the toolbar menue is not shown on window screen so I am using gnuplot for analysis as I have little know how about unix/linux.Please set to me the following.<br>hmad@uop:~&gt; cd project<br>ahmad@uop:~/project&gt; ls<br>#bfac.pdb.1#&nbsp;&nbsp; conf.pdb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; genion.log&nbsp; md323.tpr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pr.edr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 topol_A.itp<br>#rmsf.xvg.1#&nbsp;&nbsp; dist.xvg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gyrate.xvg&nbsp; md323.trr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pr.gro&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; topol_B.itp<br>#topol.top.1#&nbsp; distance.xvg&nbsp; index.ndx&nbsp;&nbsp; md323.xtc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pr.log&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; traj.trr<br>#traj.trr.1#&nbsp;&nbsp; em.mdp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ions.pdb&nbsp;&nbsp;&nbsp; md323lie.xvg&nbsp; pr.mdp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; water.pdb<br>2a5f.pdb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  em.pdb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md323.edr&nbsp;&nbsp; mdout.mdp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pr.tpr<br>bfac.pdb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; em.tpr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md323.gro&nbsp;&nbsp; pe.xvg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pr.trr<br>bonds.xvg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ener.edr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md323.log&nbsp;&nbsp; posre_A.itp&nbsp;&nbsp;
 rmsf.xvg<br>box.pdb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; energy.xvg&nbsp;&nbsp;&nbsp; md323.mdp&nbsp;&nbsp; posre_B.itp&nbsp;&nbsp; topol.top<br>ahmad@uop:~/project&gt; gnuplot<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G N U P L O T<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Version 4.2 patchlevel 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; last modified March 2007<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; System: Linux 2.6.22.5-31-default<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (C) 1986 - 1993, 1998, 2004,  2007<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thomas Williams, Colin Kelley and many others<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Type `help` to access the on-line reference manual.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; The gnuplot FAQ is available from<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 http://www.gnuplot.info/faq/<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Send comments and help requests to&nbsp; &lt;gnuplot-info@lists.sourceforge.net&gt;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Send bug reports and suggestions to &lt;gnuplot-bugs@lists.sourceforge.net&gt;<br><br><br>Terminal type set to 'x11'<br>gnuplot&gt; plot "rmsf.xvg" u 1:2 w <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ^<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; expecting 'lines', 'points', 'linespoints', 'dots', 'impulses',<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'yerrorbars', 'xerrorbars',  'xyerrorbars', 'steps', 'fsteps',<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'histeps', 'filledcurves', 'boxes', 'boxerrorbars', 'boxxyerrorbars',<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'vectors', 'financebars', 'candlesticks', 'errorlines', 'xerrorlines',<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'yerrorlines', 'xyerrorlines', 'pm3d', 'labels',
 'histograms',<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'image', 'rgbimage'<br><br>gnuplot&gt; boxes<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ^<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; invalid command<br><br>gnuplot&gt; plot lines "rmsf.xvg" u 1:2 w <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; undefined variable: lines<br><br>gnuplot&gt; plot gyrate.xvg<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; undefined variable: gyrate<br><br>gnuplot&gt; plot "gyrate.xvg"<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  ^<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Bad data on line 9<br><br>gnuplot&gt; <br>Regards,<br>Lal badshah<br><div> Send instant messages to your online friends http://uk.messenger.yahoo.com _______________________________________________<br>gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please search the archive at
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