Hi!<br>I am attempting DISRES energy minimization. I&#39;d like to turn ur attention to the 2nd &amp; 5th line below. these contain a common atom 2711 and the distance in the PDB file to its counterpart (2444 or 2575) is 55 angstroms well within the specified range. But still I get a system explode warning!!! The distances given is between SG of CYS to another SG of a Cys. I suppose GMX is pushing/pulling&nbsp; and the SG comes off!!!!<br>
<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp;&nbsp; index&nbsp;&nbsp; type&#39;&nbsp;&nbsp; low&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; up1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; up2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fac<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2575&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2620&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 60&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 60.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 85&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2575&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2711&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 70&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<br>
;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2575&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2824&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 60&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2444&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2620&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62.05&nbsp; 100.00&nbsp;&nbsp; 1.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2444&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2711&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 80&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<br>
;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2444&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2824&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 57&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<br>~<br><br>Any tips to overcome this problem is welcome.<br>Thanks<br>Jayant James<br clear="all"><br>-- <br>Jayasundar Jayant James<br><br><a href="http://www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp">www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp</a>) <br>