<P>
&nbsp; <BR>
Hi all, <BR>
I ran protein simulation in water for 9ns and plotted RMSD but it didnt&nbsp; stabilize, iam doubting on steps what I have done<BR>
I am mentioning the steps <BR>
<BR>
1.EM in vaccum<BR>
2.PR in vaccum in NVT<BR>
3.EM in water<BR>
4.PR in water in NVT<BR>
5.Production run for 250 ps in NPT remain 9ns run in MVT condition<BR>
6. Intersected the protein residues from whole protein <BR>
so I have used <BR>
make_ndx -f protein.gro -n r_20-50.ndx<BR>
 selected&nbsp; 1 &amp; r 20-50 means in whole protein select from res 20-50 <BR>
7.g_rms -f 9ns_prot.xtc -n r_20-50.ndx -pbc -s min_wat.gro -o rms_9ns.xvg<BR>
&nbsp; Here I have selected &quot;protein&amp;r_20-50&quot; for group least square fit and<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  then selected &quot; group 3(c-alpha)&quot; for RMSD calculation<BR>
 <BR>
In above mentioned steps did I do any where wrong<BR>
I am pasting my md.mdp file<BR>
title&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; dpt_prod<BR>
constraints&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; hbonds<BR>
integrator&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; md<BR>
dt&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp; &nbsp; ; ps !<BR>
nsteps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 500000&nbsp;  ; total 250 ps.<BR>
nstcomm&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1<BR>
nstxout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 100<BR>
nstlog&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 100<BR>
nstenergy&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 100<BR>
nstlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 10<BR>
ns_type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; grid<BR>
coulombtype&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; PME<BR>
rlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 0.9<BR>
rcoulomb&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>
rvdw&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.4<BR>
pbc&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; xyz<BR>
comm_grps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; Protein<BR>
; Berendsen temperature coupling is on in two groups<BR>
Tcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; Berendsen<BR>
tc-grps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; Protein&nbsp;  SoL_CL-<BR>
tau_t&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 0.1&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.1<BR>
ref_t&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 300&nbsp; &nbsp; &nbsp;  300<BR>
; isotropic pressure coupling is off<BR>
Pcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; no<BR>
pcoupltype&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; isotropic<BR>
tau_p&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 0.5<BR>
compressibility&nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 4.5e-5<BR>
ref_p&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1.0<BR>
; Energy monitoring<BR>
energygrps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp; SOL_CL-<BR>
; Generate velocites is off at 300 K.<BR>
gen_vel&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; no<BR>
gen_temp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 300<BR>
gen_seed&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 173529<BR>
~&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
<BR>
Waiting for invaluable suggestion<BR>
Thanks in advance <BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2103541_2096024/creative_2103687.gif'  alt='Shaadi'  border=0></td></TR></Table>