<table cellspacing='0' cellpadding='0' border='0' ><tr><td style='font: inherit;'>Hi all,<br>
<br>
In the TIP4P water layer above my dmpc bilayer after 100ps
(OPLS-BERGER) a hole is being formed. Some water molecules are absent
in the water layer, but the total no of water molecules are same. This
is my semi.mdp file<br>
<br>



        <meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8"><title></title><meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 1.1.2  (Linux)"><meta name="CREATED" content="20080519;11184500"><meta name="CHANGED" content="16010101;0">
        
        
        
        
        <style>
        <!--
                @page { size: 8.27in 11.69in; margin: 0.79in }
                P { margin-bottom: 0.08in }
        -->
        </style>

<pre>title               =  bilayer MD DMPC PURE
cpp                 =  /usr/bin/cpp
define              =  -DDMPC_POSRES
constraints         =  all-bonds
constraint_algorithm=  lincs  
lincs_order         =  4 
lincs_warnangle     =  30
integrator          =  md
dt                  =  0.002    ; ps !
nsteps              =  1000000     ; total 1 ns.
nstcomm             =  1
comm-mode           =  linear
nstxout             =  500
nstvout             =  500
nstfout             =  500
nstenergy           =  100
nstlist             =  5
ns_type             =  grid
rlist               =  1.0
rcoulomb            =  1.0
vdwtype             =  Cut-off
rvdw                =  1.4
pbc                 =  xyz
fourierspacing      =  0.12
fourier_nx          =  0
fourier_ny          =  0
fourier_nz          =  0
coulombtype         =  PME
pme_order           =  4
ewald_rtol          =  1e-5
optimize_fft        =  yes
; Berendsen temperature coupling is on in two groups
Tcoupl              =  berendsen
tau_t               =  0.1           0.1
tc-grps             =  DMPC          SOL
ref_t               =  300           300
; Pressure coupling is not on
Pcoupl              =  berendsen
tau_p               =  5.0           5.0
compressibility     =  4e-5         4.5e-5
ref_p               =  1.0           1.0
pcoupltype          =  semiisotropic
; Generate velocites is on at 300 K.
gen_vel             =  yes
gen_temp            =  300.0
gen_seed            =  173529
</pre>
awaiting your help<br><br><br>
</td></tr></table><br>


      <!--10--><hr size=1></hr> From Chandigarh to Chennai - find friends all over India. <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_groups_10/*http://in.promos.yahoo.com/groups/citygroups/"> Click here.</a>