
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 TRANSITIONAL//EN">

<HTML>

<HEAD>

  <META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; CHARSET=UTF-8">

  <META NAME="GENERATOR" CONTENT="GtkHTML/3.18.1">

</HEAD>

<BODY>

&#65279;<BR>

<BLOCKQUOTE>

    <TT>Gurpreet Singh wrote:</TT><BR>

    <TT><FONT COLOR="#737373">&gt; Dear Gromacs Users,</FONT></TT><BR>

    <TT><FONT COLOR="#737373">&gt; </FONT></TT><BR>

    <TT><FONT COLOR="#737373">&gt; I am using g_sas program of gromacs to calculate SASA, ?using -pbc flag.</FONT></TT><BR>

    <TT><FONT COLOR="#737373">&gt; It seems to me that the program does not take into account the periodic</FONT></TT><BR>

    <TT><FONT COLOR="#737373">&gt; boundary conditions.</FONT></TT><BR>

    <TT><FONT COLOR="#737373">&gt; Even thought this problem is mentioned in the mailing list, it still not</FONT></TT><BR>

    <TT><FONT COLOR="#737373">&gt; clear whether the program can or cannot take into account the</FONT></TT><BR>

    <TT><FONT COLOR="#737373">&gt; periodicity. </FONT></TT><BR>

    <TT><FONT COLOR="#737373">&gt; i am using gromacs3.3.2 . Could anyone please clarify this. </FONT></TT><BR>

    <TT><FONT COLOR="#737373">&gt; </FONT></TT><BR>

    <BR>

    <BR>

    <TT><A HREF="http://bugzilla.gromacs.org/show_bug.cgi?id=180">http://bugzilla.gromacs.org/show_bug.cgi?id=180</A></TT><BR>

    <BR>

    I downloaded the gromacs 3.3.3 and carried out some test calculations. The PBC is still not working, at least with test i have performed.<BR>

    I generated a trajcetory file containing two atoms in a cubic box of 4nm having same x and y coordinates and varied the z coordinates of one of the atoms.<BR>

    one atom is fixed at z coordinate of 3.9. The result of sasa vs coordinates is as follows:<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>

    Step no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; z coordinate&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; total_sasa<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.05000000074506&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.10000000149012&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.15000000223517&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.20000000298023&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.25000000372529&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.30000000447035&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.35000000521541&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.40000000596046&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.45000000670552&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.50000000745058&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.55000000819564&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.60000000894070&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.65000000968575&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.70000001043081&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.75000001117587&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.80000001192093&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.85000001266599&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.90000001341105&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.95000001415610&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.00000001490116&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.05000001564622&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.10000001639128&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.15000001713634&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.20000001788139&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.25000001862645&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.30000001937151&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.35000002011657&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.7971<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.40000002086163&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.1359<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.45000002160668&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.5849<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.50000002235174&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.9237<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.55000002309680&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.3727<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.60000002384186&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.7115<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.65000002458692&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.1605<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.70000002533197&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.49926<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.75000002607703&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.94826<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.80000002682209&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.39726<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.85000002756715&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.51566<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.90000002831221&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.95000002905726&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.51566<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.980232238769531E-008&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.000003054738045E-002&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.100000031292439&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 43&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.150000032037497&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 44&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.200000032782555&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.250000033527613&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 46&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.300000034272671&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.350000035017729&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 48&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.400000035762787&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.450000036507845&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.500000037252903&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.550000037997961&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 52&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.600000038743019&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 53&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.650000039488077&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 54&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.700000040233135&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.750000040978193&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.1497<BR>

    <BR>

    <BR>

</BLOCKQUOTE>

I used the following command to calculate the sasa<BR>

g_sas_d -f test.xtc -s topol.tpr -pbc -ndots 500 <BR>

<BR>

I can attached the tpr and xtc file if needed<BR>

<BR>

With Regards,<BR>

Gurpreet singh<BR>

<BR>

</BODY>

</HTML>