<P>
Dear list,<BR>
<BR>
I was running AA acetone in tip4p water simulation&nbsp; for calculating average density : NPT for 1.5 ns, but, after 600 ps the simulation crashes . I came to know from older posts, this may result with an inappropriate value of P-couple. I increased the value from 0.4, which was using before, to 5.0,&nbsp; still the simulation crashes. I paste the error message, the input file for the simulation and the parameter file for acetone. Could you please point out where I did make mistake.<BR>
regards,<BR>
Jestin&nbsp; &nbsp; <BR>
*************************************************<BR>
Error message from a program output file:<BR>
****************************************************<BR>
Reading file binary.tpr, VERSION 3.3.3 (double precision)<BR>
starting mdrun 'Pure water - acetone'<BR>
750000 steps,&nbsp;  1500.0 ps.<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
Wrote pdb files with previous and current coordinates<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
Back Off! I just backed up step281955.pdb to ./#step281955.pdb.1#<BR>
Wrote pdb files with previous and current coordinates<BR>
MPI: On host cognac, Program /opt/gromacs/3.3.3/bin/mdrun, Rank 2, Process 2410 received signal SIGSEGV(11)<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
MPI: --------stack traceback-------<BR>
sh: idb: command not found<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
MPI: -----stack traceback ends-----<BR>
MPI: On host cognac, Program /opt/gromacs/3.3.3/bin/mdrun, Rank 2, Process 2410: Dumping core on signal SIGSEGV(11) into directory /short/bm01/jestin/acetone/40/180<BR>
MPI: MPI_COMM_WORLD rank 2 has terminated without calling MPI_Finalize()<BR>
MPI: aborting job<BR>
<BR>
****************************************************************&nbsp; <BR>
my input file (.mdp file):<BR>
------------------------------------------------------<BR>
title&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = ACETONE<BR>
cpp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = /usr/bin/cpp<BR>
; RUN CONTROL PARAMETERS<BR>
integrator&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = md<BR>
; Start time and timestep in ps<BR>
dt&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 0.002 ;&nbsp; 2 fs<BR>
nsteps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 750000&nbsp; ; 1500ps<BR>
; For exact run continuation or redoing part of a run<BR>
init_step&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
; number of steps for center of mass motion removal<BR>
nstcomm&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<BR>
; group(s) for center of mass motion removal<BR>
comm-grps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = system<BR>
; OUTPUT CONTROL OPTIONS<BR>
; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)<BR>
nstxout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
nstvout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
nstfout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
; Checkpointing helps you continue after crashes<BR>
nstcheckpoint&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000<BR>
; Output frequency for energies to log file and energy file<BR>
nstlog&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 0<BR>
nstenergy&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 10000<BR>
; Output frequency and precision for xtc file<BR>
nstxtcout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
xtc-precision&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000<BR>
; select multiple groups. By default all atoms will be written.<BR>
; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<BR>
nstlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 10<BR>
; ns algorithm (simple or grid)<BR>
ns_type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = grid<BR>
; Periodic boundary conditions:<BR>
pbc&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = xyz<BR>
; nblist cut-off<BR>
rlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.0<BR>
; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<BR>
; Method for doing electrostatics<BR>
coulombtype&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = pme<BR>
rcoulomb&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 1.0<BR>
ewald_rtol&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 1.0e-5&nbsp; ; since erfc(sigma*rcutoff)=ewald_rtol<BR>
optimize_fft&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = yes<BR>
; Relative dielectric constant for the medium<BR>
epsilon_r&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1&nbsp; ; for water<BR>
; Method for doing Van der Waals<BR>
vdw-type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = cut-off<BR>
rvdw&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 1.0<BR>
; Spacing for the PME/PPPM FFT grid<BR>
fourierspacing&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 0.12<BR>
; EWALD/PME/PPPM parameters<BR>
pme_order&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 4<BR>
ewald_geometry&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 3d<BR>
epsilon_surface&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS<BR>
; Temperature coupling<BR>
Tcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = berendsen<BR>
; Groups to couple separately<BR>
tc-grps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = system<BR>
; Time constant (ps) and reference temperature (K)<BR>
tau-t&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.1<BR>
ref-t&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 180<BR>
; Pressure coupling<BR>
Pcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = berendsen<BR>
Pcoupltype&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = Isotropic<BR>
; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)<BR>
tau-p&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 5.0<BR>
compressibility&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 4.5e-5<BR>
ref-p&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.0<BR>
; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN<BR>
gen_vel&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = yes<BR>
gen-temp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 180<BR>
gen-seed&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 173529<BR>
constraints&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = all-bonds<BR>
constraint_algorithm&nbsp; &nbsp;  = shake<BR>
shake_tol&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.0001<BR>
morse&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<BR>
**********************************************************************<BR>
acetone parameter file:<BR>
----------------------------------------------<BR>
[ moleculetype ]<BR>
; Name nrexcl JPC 94, 1685<BR>
&nbsp; ACET&nbsp;  3<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
[ atoms ]<BR>
;&nbsp;  nr&nbsp; &nbsp;  type&nbsp; &nbsp;  resnr resid&nbsp; atom&nbsp;  cgnr&nbsp; charge&nbsp;  mass<BR>
&nbsp; &nbsp;  1&nbsp; &nbsp; opls_280&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; ACET&nbsp; &nbsp; C_2&nbsp; &nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 0.470&nbsp; 12.0110<BR>
&nbsp; &nbsp;  2&nbsp; &nbsp; opls_281&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; ACET&nbsp; &nbsp; O_2&nbsp; &nbsp;  1&nbsp;  -0.470&nbsp; 15.9994<BR>
&nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; opls_135&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; ACET&nbsp; &nbsp; CT1&nbsp; &nbsp;  2&nbsp;  -0.180&nbsp; 12.0110<BR>
&nbsp; &nbsp;  4&nbsp; &nbsp; opls_282&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; ACET&nbsp; &nbsp; HC1&nbsp; &nbsp;  2&nbsp; &nbsp; 0.060&nbsp; 1.00800<BR>
&nbsp; &nbsp;  5&nbsp; &nbsp; opls_282&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; ACET&nbsp; &nbsp; HC2&nbsp; &nbsp;  2&nbsp; &nbsp; 0.060&nbsp; 1.00800<BR>
&nbsp; &nbsp;  6&nbsp; &nbsp; opls_282&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; ACET&nbsp; &nbsp; HC3&nbsp; &nbsp;  2&nbsp; &nbsp; 0.060&nbsp; 1.00800<BR>
&nbsp; &nbsp;  7&nbsp; &nbsp; opls_135&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; ACET&nbsp; &nbsp; CT2&nbsp; &nbsp;  3&nbsp;  -0.180&nbsp; 12.0110<BR>
&nbsp; &nbsp;  8&nbsp; &nbsp; opls_282&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; ACET&nbsp; &nbsp; HC4&nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; 0.060&nbsp; 1.00800<BR>
&nbsp; &nbsp;  9&nbsp; &nbsp; opls_282&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; ACET&nbsp; &nbsp; HC5&nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; 0.060&nbsp; 1.00800<BR>
&nbsp; &nbsp; 10&nbsp; &nbsp; opls_282&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; ACET&nbsp; &nbsp; HC6&nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; 0.060&nbsp; 1.00800<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
[ bonds ]<BR>
; ai&nbsp; aj&nbsp; fu&nbsp; &nbsp; c0, c1, ...<BR>
&nbsp;  1&nbsp;  2&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 0.12290&nbsp;  476976.0&nbsp; ;&nbsp;  C_2&nbsp; O_2 ketone group<BR>
&nbsp;  3&nbsp;  1&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 0.15220&nbsp;  265265.6&nbsp; ;&nbsp;  C_2&nbsp; CT1 methylcarbon - keto carbon<BR>
&nbsp;  7&nbsp;  1&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 0.15220&nbsp;  265265.6&nbsp; ;&nbsp;  C_2&nbsp; CT1 methylcarbon - keto carbon<BR>
&nbsp;  3&nbsp;  4&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 0.10900&nbsp;  284512.0&nbsp; ;&nbsp;  CT1&nbsp; HC1 methylC- hydrogen<BR>
&nbsp;  3&nbsp;  5&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 0.10900&nbsp;  284512.0&nbsp; ;&nbsp;  CT1&nbsp; HC2 methylC- hydrogen<BR>
&nbsp;  3&nbsp;  6&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 0.10900&nbsp;  284512.0&nbsp; ;&nbsp;  CT1&nbsp; HC3 methylC- hydrogen<BR>
&nbsp;  7&nbsp;  8&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 0.10900&nbsp;  284512.0&nbsp; ;&nbsp;  CT2&nbsp; HC4 methylC- hydrogen<BR>
&nbsp;  7&nbsp;  9&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 0.10900&nbsp;  284512.0&nbsp; ;&nbsp;  CT2&nbsp; HC5 methylC- hydrogen<BR>
&nbsp;  7&nbsp; 10&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 0.10900&nbsp;  284512.0&nbsp; ;&nbsp;  CT2&nbsp; HC6 methylC- hydrogen<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
[ angles ]<BR>
; ai&nbsp; aj&nbsp; ak&nbsp; fu&nbsp; &nbsp; c0, c1, ...<BR>
&nbsp;  3&nbsp;  1&nbsp;  7&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 116.00&nbsp; &nbsp; &nbsp; 585.760 ;&nbsp;  CT1&nbsp; C_2 CT2<BR>
&nbsp;  3&nbsp;  1&nbsp;  2&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 120.40&nbsp; &nbsp; &nbsp; 669.440 ;&nbsp;  CT1&nbsp; C_2 O_2<BR>
&nbsp;  4&nbsp;  3&nbsp;  1&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 109.50&nbsp; &nbsp; &nbsp; 292.880 ;&nbsp;  HC1&nbsp; CT1 C_2<BR>
&nbsp;  5&nbsp;  3&nbsp;  1&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 109.50&nbsp; &nbsp; &nbsp; 292.880 ;&nbsp;  HC1&nbsp; CT1 C_2<BR>
&nbsp;  7&nbsp;  1&nbsp;  2&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 120.40&nbsp; &nbsp; &nbsp; 669.440 ;&nbsp;  CT2&nbsp; C_2 0_2<BR>
&nbsp;  8&nbsp;  7&nbsp;  1&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 109.50&nbsp; &nbsp; &nbsp; 292.880 ;&nbsp;  HC4&nbsp; CT2 C_2<BR>
&nbsp;  9&nbsp;  7&nbsp;  1&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 109.50&nbsp; &nbsp; &nbsp; 292.880 ;&nbsp;  HC4&nbsp; CT2 C_2<BR>
&nbsp; 10&nbsp;  7&nbsp;  1&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 109.50&nbsp; &nbsp; &nbsp; 292.880 ;&nbsp;  HC4&nbsp; CT2 C_2<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
[ dihedrals ]<BR>
; ai&nbsp; aj&nbsp; ak&nbsp; al&nbsp; fu&nbsp; &nbsp; c0, c1, m, ...<BR>
&nbsp; 7&nbsp;  1&nbsp;  3&nbsp;  4&nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.57530&nbsp;  1.72590&nbsp;  0.00000&nbsp; -2.30120&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000 ; ketone<BR>
&nbsp; 7&nbsp;  1&nbsp;  3&nbsp;  5&nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.57530&nbsp;  1.72590&nbsp;  0.00000&nbsp; -2.30120&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000 ; ketone<BR>
&nbsp; 7&nbsp;  1&nbsp;  3&nbsp;  6&nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.57530&nbsp;  1.72590&nbsp;  0.00000&nbsp; -2.30120&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000 ; ketone<BR>
&nbsp; 3&nbsp;  1&nbsp;  7&nbsp;  8&nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.57530&nbsp;  1.72590&nbsp;  0.00000&nbsp; -2.30120&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000 ; ketone<BR>
&nbsp; 3&nbsp;  1&nbsp;  7&nbsp;  8&nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.57530&nbsp;  1.72590&nbsp;  0.00000&nbsp; -2.30120&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000 ; ketone<BR>
&nbsp; 3&nbsp;  1&nbsp;  7&nbsp;  8&nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.57530&nbsp;  1.72590&nbsp;  0.00000&nbsp; -2.30120&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000 ; ketone<BR>
&nbsp; 4&nbsp;  3&nbsp;  1&nbsp;  2&nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000<BR>
&nbsp; 5&nbsp;  3&nbsp;  1&nbsp;  2&nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000<BR>
&nbsp; 6&nbsp;  3&nbsp;  1&nbsp;  2&nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000<BR>
&nbsp; 8&nbsp;  7&nbsp;  1&nbsp;  2&nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000<BR>
&nbsp; 9&nbsp;  7&nbsp;  1&nbsp;  2&nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000<BR>
 10&nbsp;  7&nbsp;  1&nbsp;  2&nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000<BR>
&nbsp; 3&nbsp;  7&nbsp;  1&nbsp;  2&nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp; 3.10662&nbsp; -3.77606&nbsp; -5.13795&nbsp;  5.80739&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000 ;&nbsp; ketone improper dihedral<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  
</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2129697_2122129/creative_2129852.gif'  alt='Amity'  border=0></td></TR></Table>