Dear gmx users,<br>I am attempting to calculate binding free energy of a protein-ligand complex, but I'm facing some doubts.<br>Is it possible to use the gromos96 force field instead of opls?<br>Am I doing all the need type/typeB conversions just turning the atoms charge to 0 (zero)? <br>
Should I do any modification in [bonds], [pairs], [angles] or [dihedrals]?<br>Should I perform all these modifications just in the ligand topology or in the protein-ligand complex topology?<br><br>Thanks a lot,<br>Diego.<br>