<pre><tt><tt>Dear All,<br><br> During simulations of some ions solvated in water<br>(where water is constrained using SHAKE) I get the<br>statements looking like the following in the md.log<br>files:<br>Grid: 4 x 4 x 4 cells<br>
Grid: 5 x 5 x 5 cells<br>Grid: 4 x 4 x 4 cells<br>Grid: 5 x 5 x 5 cells<br>Grid: 4 x 4 x 4 cells<br>Grid: 5 x 5 x 5 cells<br>Grid: 4 x 4 x 4 cells<br><br>The system consists of 10 ion pairs and water (SPC/E,<br>518 water molecules) and simulations are run in NPT<br>
ensemble (T=280 K). Can anyone please explain what<br>this statement means and if it should be a cause of<br>concern. The simulations have run without crashing for<br>25 ns. The simulations were run using gromacs 3.2.<br>
Similar output was found in gromacs 3.3 simulations<br>except in this case there is only one ion pair (in 518<br>water molecules) which is constrained at a certain<br>distance using constraint = all_bonds in run.mdp file.<br>
<br>Thanks in advance for your response.<br><br>Regards<br>Sapna <br><br><br></tt></tt></pre><br clear="all"><br>-- <br>Sapna Sarupria<br>Ph.D. Student - Chemical Engineering<br>Rensselaer Polytechnic Institute<br>Troy, New York 12180<br>
U.S.A.<br>Ph#: (518)276-3031<br>Life isn&#39;t about finding yourself. Life is about creating yourself. <br>George Bernard Shaw. <br>Dare to Dream