<P>
Thanks for your prompt reply Florian, <BR>
If I use grompp followed by mdrun commands instead of tpbconv with extend option in case of 1ns interval for 5ns simulation, will it show any difference?<BR>
Thanks in advance&nbsp; <BR>
<BR>
<BR>
<BR>
On Thu, 29 May 2008 Florian Haberl wrote :<BR>
&gt;Hi,<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;On Thursday, 29. May 2008 08:53, minnale wrote:<BR>
&gt; &gt; Hi all,<BR>
&gt; &gt; If I want to run production step for 5ns with same parameters of long run.<BR>
&gt; &gt; can I mention whole simulation nsteps at a time in md.mdp file or run<BR>
&gt; &gt; simulations with 1ns interval with same parameters for 5 times, but in<BR>
&gt; &gt; second way each time we have to use either tpbconv with extend option or<BR>
&gt; &gt; grompp command.<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; Will it cause any difference if we run in above mentioned ways and any<BR>
&gt; &gt; drastical changes occurs in results? Thanks in advance.<BR>
&gt;<BR>
&gt;No there will be no differences if you use tpbconv like described in<BR>
&gt;<BR>
&gt;http://wiki.gromacs.org/index.php/Doing_Restarts<BR>
&gt;<BR>
&gt;to restart simulation.<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;Greetings,<BR>
&gt;<BR>
&gt;Florian<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;--<BR>
&gt;-------------------------------------------------------------------------------<BR>
&gt;&nbsp; Florian Haberl<BR>
&gt;&nbsp; Computer-Chemie-Centrum<BR>
&gt;&nbsp; Universitaet Erlangen/ Nuernberg<BR>
&gt;&nbsp; Naegelsbachstr 25<BR>
&gt;&nbsp; D-91052 Erlangen<BR>
&gt;&nbsp; Telephone:&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;+49(0) − 9131 − 85 26573<BR>
&gt;&nbsp; Mailto: florian.haberl AT chemie.uni-erlangen.de<BR>
&gt;-------------------------------------------------------------------------------<BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2129697_2122129/creative_2129852.gif'  alt='Amity'  border=0></td></TR></Table>