Thank you Mark and Justin, your replies were very helpful . I was converting output file back into pdb file using &quot;genconf&quot; as I wanted to find out the structural changes happening(Ex: conformational changes ) after every operation. Is there any other way to tack progress of my task(Ex: Hydration ) .<br>
<br>Harshith<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 30, 2008 at 2:26 AM, h a &lt;<a href="mailto:y600100@gmail.com">y600100@gmail.com</a>&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear users,<br><br>I am a beginner with gromacs. I converted a sample pdb file  to gromacs file using &quot;pdb2gmx&quot; and then converted it back to pdb file using &quot;genconf&quot; but I found that positions of atoms was changed and so was their thermal factor. I did not understand why  there was change in position of the atoms. when I observed both of them using pymol  I found&nbsp; inconsistency in type of atoms and bond locations.<br>

<br>can you please explain why this happened .<br><br>thank you,<br><br>Harshith&nbsp; <br><br>&nbsp;<br>
</blockquote></div><br>