<P>
&nbsp; <BR>
Hi all, <BR>
I have run the protein in water for 7ns and plotted RMSD for whole protein with 250 residues and segmented 70 residues out of 250 residues by using index file, result in two cases values are nearly same and showing almost same graph. I think it should be different in two cases. <BR>
 <BR>
the commands I have given for whole protein and segmented protein are<BR>
<BR>
g_rms -f 7ns_pro.xtc -pbc -s min_pro.tpr -o rms_whol7nsprot<BR>
&nbsp; selected c-alpha for least square fit<BR>
&nbsp; selceted c-alpha for RMSD calculation<BR>
<BR>
g_rms -f 7ns_pro.xtc -pbc -s min_pro.tpr -n 20_90res.ndx -o rms_segm7nsprot<BR>
&nbsp; selected 20_90res for least square fit<BR>
&nbsp; selected c-alpha for RMSD calculation<BR>
<BR>
Any suggestions are appreciated<BR>
Thanks in advance<BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/2133997_2126411/2134144/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2133997_2126411/creative_2134144.jpg'  alt='Swiss'  border=0></a></td></TR></Table>