<span style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">Hi Gromacs users,</span><br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);"><br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">
<span style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I installed Gromacs on a Rocks 4.3 2 Node cluster with Dual core dual AMD64 processors.</span><br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">
<br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);"><span style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">The FFTW library is 3.1.2, compiled with --enable-float option.</span><br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">
<br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);"><span style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">During Gromacs config: used CPPFLAGS and LDFLAGS to set into fftw.</span><br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">

<br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);"><span style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">After installing, the gmxtest is giving following output:</span><br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">
<br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);"><span style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">[root@test gromacs-3.3.2]# make tests</span><br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">
<span style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">(if test -d &quot;gmxtest&quot;; then cd &quot;gmxtest&quot;; ./gmxtest.pl all; cd ..; \</span><br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">
<span style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">else echo &quot;No gmxtest directory found. Please download and unpack it here.&quot;;\</span><br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">
<span style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">
fi)</span><br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);"><span style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">All 16 simple tests PASSED</span><br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">
<span style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">FAILED. Check files in acetonitrilRF</span><br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);"><span style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">FAILED. Check files in dec+water</span><br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">
<span style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">2 out of 14 complex tests FAILED</span><br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);"><span style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">All 63 kernel tests PASSED</span><br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">
<span style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">All 45 pdb2gmx tests PASSED</span><br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);"><span style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">[root@test gromacs-3.3.2]#</span><br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">

<br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);"><span style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">Is this mean that installation wrong? If so, what may be the cause?</span><br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">
<br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);"><span style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">Thanks,</span><br style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);">
<font style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; color: rgb(51, 51, 255);" color="#888888">Sangamesh</font>