<table cellspacing='0' cellpadding='0' border='0' background='none' style='font-family:arial;font-size:10pt;color:rgb(51, 51, 51);background-color:rgb(255, 255, 255);width:100%;'><tr><td valign='top' style='font: inherit;'>dear user<br>my molecule is HSA it has about 120000 atoms its not small I run the calculation<br>with<br>&nbsp;mpirun -np 4 /usr/local/share/gromacs_331/bin/mdrun -f topol.tpr&nbsp; o md.trr -c md_out.gro -e md.edr -g md.log &amp;<br>then I run top and I see 4 cores are working but the time of calculation is the same without <br>-np 4 option<br>can you help me<br></td></tr></table><br>