<P>
<BR>
Thanks for your reply<BR>
 NO, I am having 64 lipids in each leaflet of bilayer.&nbsp;  <BR>
I want to calculate average area per lipid.&nbsp; what I have mentioned options are correct for g_sas?<BR>
Thanks for your appreciation<BR>
 <BR>
innale wrote:<BR>
&gt;&nbsp;  Hi all,<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp;  I have downloaded POPC bilayer from peter teileman,s website and <BR>
&gt; simulated for 5ns under anisotropic pressure coupling. When I drew a&nbsp; <BR>
&gt; potential energy plot its shown that system is stabilised, so I have <BR>
&gt; stopped the simulation at 5ns.<BR>
&gt;&nbsp;  After that I have mentioned g_sas command for calculating surface area <BR>
&gt; of lipid in this way and got .xvg file like below mentioned<BR>
&gt; <BR>
&gt; command : g_sas -f 5ns_popc.xtc -s min_popc.tpr -pbc -o area_popc.xvg<BR>
&gt; <BR>
&gt; .xvg File:<BR>
&gt; @&nbsp; &nbsp; title &quot;Solvent Accessible Surface&quot;<BR>
&gt; @&nbsp; &nbsp; xaxis&nbsp; label &quot;Time (ps)&quot;<BR>
&gt; @&nbsp; &nbsp; yaxis&nbsp; label &quot;Area (nm\S2\N)&quot;<BR>
&gt; @TYPE xy<BR>
&gt; @ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85<BR>
&gt; @ legend on<BR>
&gt; @ legend box on<BR>
&gt; @ legend loctype view<BR>
&gt; @ legend 0.78, 0.8<BR>
&gt; @ legend length 2<BR>
&gt; @ s0 legend &quot;Hydrophobic&quot;<BR>
&gt; @ s1 legend &quot;Hydrophilic&quot;<BR>
&gt; @ s2 legend &quot;Total&quot;<BR>
&gt; @ s3 legend &quot;D Gsolv&quot;<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; 152.383&nbsp; &nbsp; 228.165&nbsp; &nbsp; 380.548&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.2&nbsp; &nbsp; 149.279&nbsp; &nbsp; 230.277&nbsp; &nbsp; 379.555&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.4&nbsp; &nbsp; 153.175&nbsp; &nbsp; 229.306&nbsp; &nbsp; 382.481&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.6&nbsp; &nbsp; 149.312&nbsp; &nbsp; 229.188&nbsp; &nbsp; 378.499&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.8&nbsp; &nbsp; 149.708&nbsp; &nbsp; 228.811&nbsp; &nbsp; 378.518&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 149.972&nbsp; &nbsp; &nbsp; 229.69&nbsp; &nbsp; 379.662&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.2&nbsp; &nbsp; 155.587&nbsp; &nbsp; 229.615&nbsp; &nbsp; 385.202&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.4&nbsp; &nbsp; 151.953&nbsp; &nbsp; 227.696&nbsp; &nbsp; 379.649&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.6&nbsp; &nbsp; 149.113&nbsp; &nbsp; 229.903&nbsp; &nbsp; 379.016&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.8&nbsp; &nbsp; 151.062&nbsp; &nbsp; 227.394&nbsp; &nbsp; 378.456&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  2&nbsp; &nbsp; 149.278&nbsp; &nbsp; 226.934&nbsp; &nbsp; 376.213&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  2.2&nbsp; &nbsp; 151.095&nbsp; &nbsp; &nbsp; 225.68&nbsp; &nbsp; 376.774&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  2.4&nbsp; &nbsp; 149.873&nbsp; &nbsp; 229.576&nbsp; &nbsp; 379.449&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  2.6&nbsp; &nbsp; 148.387&nbsp; &nbsp; 230.391&nbsp; &nbsp; 378.778&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  2.8&nbsp; &nbsp; 147.627&nbsp; &nbsp; 227.792&nbsp; &nbsp; 375.419&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; 148.156&nbsp; &nbsp; 229.589&nbsp; &nbsp; 377.745&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  3.2&nbsp; &nbsp; 145.051&nbsp; &nbsp; 229.568&nbsp; &nbsp; 374.619&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  3.4&nbsp; &nbsp; 147.231&nbsp; &nbsp; 229.814&nbsp; &nbsp; 377.044&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  3.6&nbsp; &nbsp; 145.348&nbsp; &nbsp; 229.392&nbsp; &nbsp; 374.741&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  3.8&nbsp; &nbsp; 148.717&nbsp; &nbsp; &nbsp; 229.43&nbsp; &nbsp; 378.146&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  4&nbsp; &nbsp; 153.307&nbsp; &nbsp; 230.834&nbsp; &nbsp; 384.142&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  4.2&nbsp; &nbsp; 153.604&nbsp; &nbsp; &nbsp; 230.6&nbsp; &nbsp; 384.204&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  4.4&nbsp; &nbsp; 154.397&nbsp; &nbsp; 229.345&nbsp; &nbsp; 383.742&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  4.6&nbsp; &nbsp; 155.718&nbsp; &nbsp; 230.864&nbsp; &nbsp; 386.582&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  4.8&nbsp; &nbsp; 155.685&nbsp; &nbsp; 231.226&nbsp; &nbsp; 386.911&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  5&nbsp; &nbsp; 152.911&nbsp; &nbsp; 231.332&nbsp; &nbsp; 384.243&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  5.2&nbsp; &nbsp; 153.935&nbsp; &nbsp; 229.453&nbsp; &nbsp; 383.388&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  5.4&nbsp; &nbsp; &nbsp; 154.43&nbsp; &nbsp; 231.396&nbsp; &nbsp; 385.826&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  .&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  <BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  .<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  .<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  .<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  .<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  till 5000ps.<BR>
&gt; <BR>
&gt; I have searched in gmx-archives about SAS of lipid, I found that lipid&nbsp; <BR>
&gt; SAS should be 0.64 nm^2/sec but I got values range from 150 to 170nm2/sec<BR>
<BR>
&gt;&gt;Let me guess, .64 x 256 = 150 nm^2. Do you have 256 lipids?<BR>
<BR>
&gt; <BR>
&gt; Could you please tell where I have done mistake?<BR>
&gt; Thanks in advance.
</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/2134706_2127120/2134861/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2134706_2127120/creative_2134861.jpg'  alt='Share Khan'  border=0></a></td></TR></Table>