<P>
 Hi all, <BR>
&nbsp; &nbsp; I have downloaded POPC bilayer from peter teileman,s website and simulated for 5ns under anisotropic pressure coupling. When I drew a&nbsp; potential energy plot its shown that system is stabilised, so I have stopped the simulation at 5ns.<BR>
&nbsp;  After that I have mentioned g_sas command for calculating surface area of lipid in this way and got .xvg file like below mentioned <BR>
<BR>
 command : g_sas -f 5ns_popc.xtc -s min_popc.tpr -pbc -o area_popc.xvg<BR>
 <BR>
 .xvg File:<BR>
@&nbsp; &nbsp; title &quot;Solvent Accessible Surface&quot;<BR>
@&nbsp; &nbsp; xaxis&nbsp; label &quot;Time (ps)&quot;<BR>
@&nbsp; &nbsp; yaxis&nbsp; label &quot;Area (nm\S2\N)&quot;<BR>
@TYPE xy<BR>
@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85<BR>
@ legend on<BR>
@ legend box on<BR>
@ legend loctype view<BR>
@ legend 0.78, 0.8<BR>
@ legend length 2<BR>
@ s0 legend &quot;Hydrophobic&quot;<BR>
@ s1 legend &quot;Hydrophilic&quot;<BR>
@ s2 legend &quot;Total&quot;<BR>
@ s3 legend &quot;D Gsolv&quot;<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp;  152.383&nbsp; &nbsp;  228.165&nbsp; &nbsp;  380.548&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.2&nbsp; &nbsp;  149.279&nbsp; &nbsp;  230.277&nbsp; &nbsp;  379.555&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.4&nbsp; &nbsp;  153.175&nbsp; &nbsp;  229.306&nbsp; &nbsp;  382.481&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.6&nbsp; &nbsp;  149.312&nbsp; &nbsp;  229.188&nbsp; &nbsp;  378.499&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.8&nbsp; &nbsp;  149.708&nbsp; &nbsp;  228.811&nbsp; &nbsp;  378.518&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  1&nbsp; &nbsp;  149.972&nbsp; &nbsp; &nbsp; 229.69&nbsp; &nbsp;  379.662&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.2&nbsp; &nbsp;  155.587&nbsp; &nbsp;  229.615&nbsp; &nbsp;  385.202&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.4&nbsp; &nbsp;  151.953&nbsp; &nbsp;  227.696&nbsp; &nbsp;  379.649&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.6&nbsp; &nbsp;  149.113&nbsp; &nbsp;  229.903&nbsp; &nbsp;  379.016&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.8&nbsp; &nbsp;  151.062&nbsp; &nbsp;  227.394&nbsp; &nbsp;  378.456&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  2&nbsp; &nbsp;  149.278&nbsp; &nbsp;  226.934&nbsp; &nbsp;  376.213&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  2.2&nbsp; &nbsp;  151.095&nbsp; &nbsp; &nbsp; 225.68&nbsp; &nbsp;  376.774&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  2.4&nbsp; &nbsp;  149.873&nbsp; &nbsp;  229.576&nbsp; &nbsp;  379.449&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  2.6&nbsp; &nbsp;  148.387&nbsp; &nbsp;  230.391&nbsp; &nbsp;  378.778&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  2.8&nbsp; &nbsp;  147.627&nbsp; &nbsp;  227.792&nbsp; &nbsp;  375.419&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp;  148.156&nbsp; &nbsp;  229.589&nbsp; &nbsp;  377.745&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  3.2&nbsp; &nbsp;  145.051&nbsp; &nbsp;  229.568&nbsp; &nbsp;  374.619&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  3.4&nbsp; &nbsp;  147.231&nbsp; &nbsp;  229.814&nbsp; &nbsp;  377.044&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  3.6&nbsp; &nbsp;  145.348&nbsp; &nbsp;  229.392&nbsp; &nbsp;  374.741&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  3.8&nbsp; &nbsp;  148.717&nbsp; &nbsp; &nbsp; 229.43&nbsp; &nbsp;  378.146&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  4&nbsp; &nbsp;  153.307&nbsp; &nbsp;  230.834&nbsp; &nbsp;  384.142&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  4.2&nbsp; &nbsp;  153.604&nbsp; &nbsp; &nbsp;  230.6&nbsp; &nbsp;  384.204&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  4.4&nbsp; &nbsp;  154.397&nbsp; &nbsp;  229.345&nbsp; &nbsp;  383.742&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  4.6&nbsp; &nbsp;  155.718&nbsp; &nbsp;  230.864&nbsp; &nbsp;  386.582&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  4.8&nbsp; &nbsp;  155.685&nbsp; &nbsp;  231.226&nbsp; &nbsp;  386.911&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  5&nbsp; &nbsp;  152.911&nbsp; &nbsp;  231.332&nbsp; &nbsp;  384.243&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  5.2&nbsp; &nbsp;  153.935&nbsp; &nbsp;  229.453&nbsp; &nbsp;  383.388&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  5.4&nbsp; &nbsp; &nbsp; 154.43&nbsp; &nbsp;  231.396&nbsp; &nbsp;  385.826&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  .&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  .<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  .<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  .<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  .<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; till 5000ps.<BR>
<BR>
I have searched in gmx-archives about SAS of lipid, I found that lipid&nbsp; SAS should be 0.64 nm^2/sec but I got values range from 150 to 170nm2/sec <BR>
<BR>
Could you please tell where I have done mistake?<BR>
Thanks in advance.
</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/2135081_2127495/2135237/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2135081_2127495/creative_2135237.gif'  alt='Maruti'  border=0></a></td></TR></Table>