<table cellspacing='0' cellpadding='0' border='0' background='none' style='font-family:arial;font-size:10pt;color:rgb(51, 51, 51);background-color:rgb(255, 255, 255);width:100%;'><tr><td valign='top' style='font: inherit;'>Hi All,<br>I want to study and calculate the secondary structure as a function of time of my MD simulated protein. I have no DSSP installed but will use VMD for this.Can any one suggest me which files of MD simulation output I should used? or I need to develop PDB file of the whole MD simulation trajectories?<br>Hoping for an early guidance <br><br><strong><font color="#007f40">SYED LAL BADSHAH <br>M.Phil<br>NCE in Physical Chemistry, <br>University of Peshawar. <br>NWFP,Pakistan. <br>Cell # 03349060632.</font></strong></td></tr></table><br>Send instant messages to your online friends http://uk.messenger.yahoo.com