<HTML><HEAD><META content="text/html; charset=x-user-defined" http-equiv="Content-Type"><style type="text/css"><!--.MailHeader { font-family: "Arial"; font-size: 8pt; color: #000000; font-style: normal; font-weight: normal; text-decoration: none; }//--></style></HEAD><BODY><br ><font face="Arial" size="2">
<TABLE STYLE="border-color: blue; border-left: 1px solid blue; padding-left: 5px;">
    <tbody>
        <TR>
            <TD><br >
            <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=x-user-defined" >Dear gmx-users,<br ><br >I have installed the gromacs 3.3.3 on a dual core HP workstation with Ubuntu platform. All the programs are properly installed and working except ngmx and dssp. However there is a difference, ngmx is not  installed as I donot see the link in /usr/local/bin along with the other programs. where as dssp when  executed   outputs one pdb file and  just hangs for a long  time (days) without giving  any  other output.  This is how the output looks:<br >-==============================================<br ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Option       Type   Value   Description</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">------------------------------------------------------</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">-[no]h       bool   no      Print help info and quit</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">-nice        int    19      Set the nicelevel</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">-b           time   0       First frame (ps) to read from trajectory</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">-e           time   0       Last frame (ps) to read from trajectory</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">-dt          time   0       Only use frame when t MOD dt = first time (ps)</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">-tu          enum   ps      Time unit: ps, fs, ns, us, ms or s</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">-[no]w       bool   no      View output xvg, xpm, eps and pdb files</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">-[no]xvgr    bool   yes     Add specific codes (legends etc.) in the output</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">                            xvg files for the xmgrace program</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">-sss         string HEBT    Secondary structures for structure count</SPAN><br style="font-style: italic;" ><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Reading file 1azt_md_grompp.tpr, VERSION 3.3.3 (single precision)</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Reading file 1azt_md_grompp.tpr, VERSION 3.3.3 (single precision)</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/phbres.dat</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/aminoacids.dat</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Group     0 (      System) has 12245 elements</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Group     1 (     Protein) has   217 elements</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Group     2 (   Protein-H) has   161 elements</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Group     3 (     C-alpha) has    18 elements</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Group     4 (    Backbone) has    54 elements</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Group     5 (   MainChain) has    72 elements</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Group     6 (MainChain+Cb) has    91 elements</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Group     7 ( MainChain+H) has    92 elements</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Group     8 (   SideChain) has   125 elements</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Group     9 ( SideChain-H) has    88 elements</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Group    10 ( Prot-Masses) has   217 elements</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Group    11 ( Non-Protein) has 12028 elements</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Group    12 (         SOL) has 12027 elements</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Group    13 (         CL-) has     1 elements</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Group    14 (       Other) has 12028 elements</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Select a group: 5</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Selected 5: 'MainChain'</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">There are 18 residues in your selected group</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ss.map</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">trn version: GMX_trn_file (single precision)</SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Reading frame       0 time    0.000   </SPAN><br style="font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-style: italic;">Back Off! I just backed up ddIuI8uU to ./#ddIuI8uU.1#</SPAN><br style="font-style: italic;" >=================================================<br ><br >I am unable to figure out the problem. Any suggestions are welcome.  About ngmx I tried to install it seperately using make and make install but it does not compile/install. How should I install it ? Thankyou for the time. <br ><br >sharada<br ></TD>
        </TR>
    </tbody>
</TABLE>
</font></BODY></HTML>