<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
FONT-SIZE: 9pt;
FONT-FAMILY:Tahoma
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Dear GMX-users,<br><br>I'm trying to do self-assembly of bilayer. I'm using coarse-grained model (MARTINI), and there are 1280 CG lipids and 30110 CG waters. I followed procedures of Marrink and de Vries's atomistic simulations of the bilayer self-assembly.&nbsp; So, I simulated the randomly-positioned system with isotropic pressures for a while, and then run the system with anisotropic pressure (shown below).&nbsp; I've tried this a couple of times, but I always got tilted multiple bilayers (due to anisotropic pressure, the box x,y,z dimensions become even awkward.).&nbsp;&nbsp; How can I get only one bilayer (normal to z-direction) ?&nbsp;&nbsp; Do I need to apply other pressure couplings?&nbsp; Or, am I using too much water?<br>&nbsp;<br>Thanks for your help in advance.<br><br>best,<br>Hwankyu.<br><br>------------<br>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.2&nbsp;&nbsp; 0.2&nbsp;&nbsp; 0.2&nbsp;&nbsp; 0.2&nbsp;&nbsp; 0.2&nbsp;&nbsp; 0.2<br>compressibility&nbsp;&nbsp; = 3e-5 3e-5 3e-5 3e-5 3e-5 3e-5 <br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp; 1.0<br>-----------<br /><hr />e벗 사귀기, 쪽지 보내기, 가젯 즐기기를 통해 전세계 친구들을 만나세요! <a href='http://www.spaces.live.com ' target='_new'>나의 글로벌 인맥, Windows Live Space!</a></body>
</html>