<br clear="all"><br>Dear All,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; My protein is simulating for 20 ns and 16 ns has already over, but I want to analyze RMSD and RMSF for this 16 ns simulation, without stopping the running <a href="http://simulation.it">simulation.it</a> was crashed before, so I used tpbconv -f&nbsp; previous.trr -e previous.edr -s previous.tpr -o new.tpr -until 20000<br>
&nbsp;then gave the command --&gt;<br>&nbsp;mdrun -s new.tpr -o new.trr -c new.gro -g new.log -e new.edr<br><br>now job is running....<br><br>now for analysis I am giving this command<br>g_rms new.tpr -f new.trr -o new_rmsd.xvg -xvgr<br>
<br>it is giving this output<br>:-)&nbsp; g_rms&nbsp; (-:<br><br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------------<br>&nbsp; -s&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; topol.tpr&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb xml<br>
&nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; new.trr&nbsp; Input&nbsp;&nbsp; Generic trajectory: xtc trr t&nbsp; pdb<br>&nbsp;-f2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; traj.xtc&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb<br>&nbsp; -n&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; index.ndx&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Index file<br>&nbsp; -o&nbsp;&nbsp; new_rmsd.xvg&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvgr/xmgr file<br>
-mir&nbsp;&nbsp;&nbsp; rmsdmir.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>&nbsp; -a&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; avgrp.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-dist rmsd-dist.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>&nbsp; -m&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; rmsd.xpm&nbsp; Output, Opt. X PixMap compatible matrix file<br>
-bin&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; rmsd.dat&nbsp; Output, Opt. Generic data file<br>&nbsp;-bm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bond.xpm&nbsp; Output, Opt. X PixMap compatible matrix file<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option&nbsp;&nbsp; Type&nbsp; Value&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]h&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print help info and quit<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]X&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Use dialog box GUI to edit command line options<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; Set the nicelevel<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -b&nbsp;&nbsp; time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; First frame (ps) to read from trajectory<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -e&nbsp;&nbsp; time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Last frame (ps) to read from trajectory<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -dt&nbsp;&nbsp; time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Only use frame when t MOD dt = first time (ps)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -tu&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ps&nbsp; Time unit: ps, fs, ns, us, ms, s, m or h<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]w&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; View output xvg, xpm, eps and pdb files<br>&nbsp;&nbsp; -[no]xvgr&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Add specific codes (legends etc.) in the output<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvg files for the xmgrace program<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -what&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp; rmsd&nbsp; Structural difference measure: rmsd, rho or rhosc<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]pbc&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; PBC check<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -fit&nbsp;&nbsp; enum rot+trans&nbsp; Fit to reference structure: rot+trans,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; translation or none<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -prev&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Compare with previous frame<br>
&nbsp; -[no]split&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Split graph where time is zero<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -skip&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; Only write every nr-th frame to matrix<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -skip2&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; Only write every nr-th frame to matrix<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -max&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Maximum level in comparison matrix<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -min&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Minimum level in comparison matrix<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -bmax&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Maximum level in bond angle matrix<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -bmin&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Minimum level in bond angle matrix<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nlevels&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 80&nbsp; Number of levels in the matrices<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -ng&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; Number of groups to compute RMS between<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program g_rms, VERSION 3.3<br>Source code file: statutil.c, line: 787<br><br>Invalid command line argument:<br>
new.tpr<br>-------------------------------------------------------<br><br>&nbsp;WHY THIS IS SHOWING THIS ERROR?<br><br><br>Thanks in advance<br><br>&nbsp;Anamika<br><br>