<font size="2">Dear all,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD and RMSF of my protein is showing abnormal flucutuation. To overcome this problem I am using following commands--&gt;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; trjconv -f *.trr -o trajout_whole.xtc -s *.tpr -pbc whole <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br clear="all"></font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; trjconv -f trajout_whole.xtc -o trajout_nojump .xtc -pbc nojump<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; but this second command is showing fatal error:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Index[35] 334 is larger than the number of atoms in the trajectory file (330)<br>
&nbsp;pls help me to understand this and to sort out this problem.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thank you<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Anamika<br><br>