<div>Hello,<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am new to GROMACS, and so my questions
my seem relatively simple. I'm attempting to use the AFM Pulling facet of the
program to generate force extension curves of ~20 amino acid polypeptide
chains.&nbsp; After cutting down my .pdb file to the desired amino acids, i
used the command:<br><br>pdb2gmx -f 3B6U.pdb -p protein.top -o
protein.gro<br><br>The command generated the required gromacs files.&nbsp; Now,
I am unsure of the next step.&nbsp; Would it be to create a .mdp file with my
specified parameters?&nbsp; If so, what command should I use after creating the
.mdp to start the simulation?&nbsp; Is there an AFM Pulling / Force Extension
Curve tutorial available?&nbsp; Thanks.<br>&nbsp;
<br>______________________________<br><br>Venkatesh Hariharan<br>Schreyer
Honors College<br>Undergraduate - Bioengineering<br><br>"You must be the change
you wish to see in the world."<br>--Mohandas Karamchand Gandhi<br><br><br></div>