Dear Gromacs Users,<br><br>I have a problem in running the energy minimization of a protein along with a substrate. In the .mdp file, if I use constraints =&nbsp; all-bonds, the system complains like the convergence is reached to system accuracy not to the one I mentioned. If I replace the constraints = none, its running well. I would like to know how serious it is to replace all-bonds constraints with none. <br>