hi all<br>I did MD studies of a dimer using NAMD and charmm forcefields.....now, in order analyze dynamic motions PCA was done using the command g_covar of GROMACS.....here i gave .trr and .pdb as input.....and selected backbone for analysis.....the output obtained were average.pdb, average.trr....etc....<br>
after that for analysing i used g_anaeig command.....providing average.trr as input.....to get filter.pdb....(after loading it in VMD i could see the global movement very clearly...)<br>my query is that &quot; in a paper i read that PCA analysis does not make any sense by using reference structure.....in fact average structure is the best choice&quot;.I am confused whether what i did was correct or not......<br>
and can anyone tell me how to use average structure in GROMACS<br><br clear="all"><br>-- <br>SUNITA GUPTA<br>Member Research Team<br>Lead Invent Technology<br>TBIU, IIT Delhi, India<br>Email- <a href="mailto:sunita@leadinvent.com">sunita@leadinvent.com</a><br>
Ph- +9111 26581524 (Ex-6)