<div>Hello, Venkatesh Hariharan!</div>
<div>To perform AFM pull you should provide an additional input file named xxx.ppa and append &quot;-pi xxx.ppa&quot; to mdrun arguments. You can read GROMACS online or paper manual for detail.<br></div>
<div class="gmail_quote">2008/6/24 VENKATESH HARIHARAN &lt;<a href="mailto:vuh105@psu.edu">vuh105@psu.edu</a>&gt;:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div>Hello,<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am new to GROMACS, and so my questions my seem relatively simple. I&#39;m attempting to use the AFM Pulling facet of the program to generate force extension curves of ~20 amino acid polypeptide chains.&nbsp; After cutting down my .pdb file to the desired amino acids, i used the command:<br>
<br>pdb2gmx -f 3B6U.pdb -p protein.top -o protein.gro<br><br>The command generated the required gromacs files.&nbsp; Now, I am unsure of the next step.&nbsp; Would it be to create a .mdp file with my specified parameters?&nbsp; If so, what command should I use after creating the .mdp to start the simulation?&nbsp; Is there an AFM Pulling / Force Extension Curve tutorial available?&nbsp; Thanks.<br>
&nbsp; <br>______________________________<br><br>Venkatesh Hariharan<br>Schreyer Honors College<br>Undergraduate - Bioengineering<br><br>&quot;You must be the change you wish to see in the world.&quot;<br>--Mohandas Karamchand Gandhi<br>
<br><br></div><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>