Dear Gromacs users,<br><br>Is there any way to handle the disulphide bond formed between two independent fragments of a protein ? Precisely it is an inter disulphide bond between two fragments. If I keep the two fragments as separate objects while preparing the pdb file (using TER between the two fragments), gromacs is not asking for the formation of a disulphide bond. If I keep them as a single object while preparing the input pdb, gromacs could recognize the disulphide bond but while running the energy minimization its complaining that the distances are too close. <br>
<br>Is there any way to handle these ? I am also thinking like keep them as separate objects and imposing positional restraints on both the sulphur atoms. Is it all right to do that way ?<br><br>Please suggest me some thing how to handle these ?<br>
<br>Ram.<br>