<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html><head><title></title>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<meta http-equiv="Content-Style-Type" content="text/css">
<style type="text/css"><!--
body {
  margin: 5px 5px 5px 5px;
  background-color: #ffffff;
}
/* ========== Text Styles ========== */
hr { color: #000000}
body, table /* Normal text */
{
 font-size: 9pt;
 font-family: 'Courier New';
 font-style: normal;
 font-weight: normal;
 color: #000000;
 text-decoration: none;
}
span.rvts1 /* Heading */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 font-weight: bold;
 color: #0000ff;
}
span.rvts2 /* Subheading */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 font-weight: bold;
 color: #000080;
}
span.rvts3 /* Keywords */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 font-style: italic;
 color: #800000;
}
a.rvts4, span.rvts4 /* Jump 1 */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 color: #008000;
 text-decoration: underline;
}
a.rvts5, span.rvts5 /* Jump 2 */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 color: #008000;
 text-decoration: underline;
}
span.rvts6
{
 font-size: 11pt;
 font-family: 'tahoma';
 font-weight: bold;
 color: #ffffff;
 background-color: #0000ff;
}
span.rvts7
{
 font-size: 11pt;
 font-family: 'tahoma';
}
a.rvts8, span.rvts8
{
 font-size: 11pt;
 font-family: 'tahoma';
 color: #0000ff;
 text-decoration: underline;
}
span.rvts9
{
 font-size: 8pt;
 font-family: 'arial';
 font-style: italic;
 color: #c0c0c0;
}
a.rvts10, span.rvts10
{
 font-size: 8pt;
 font-family: 'arial';
 color: #0000ff;
 text-decoration: underline;
}
/* ========== Para Styles ========== */
p,ul,ol /* Paragraph Style */
{
 text-align: left;
 text-indent: 0px;
 padding: 0px 0px 0px 0px;
 margin: 0px 0px 0px 0px;
}
.rvps1 /* Centered */
{
 text-align: center;
}
--></style>
</head>
<body>

<p><a name="stopSpelling"></a>
<br></p>
<p>Hi Berk,&nbsp;</p>
<p><br></p>
<p>BH&gt; I think this would require complete rewriting of all the (required) analysis tools.</p>
<p>BH&gt; Currently all tools assume that you have a static, fixed length list of atoms.</p>
<p>BH&gt; You can not "simply" make this list dynamic.</p>
<p>BH&gt; It would be very useful to have such a functionality, but one would like to</p>
<p>BH&gt; have this implemented at a higher level.</p>
<p><br></p>
<p>You are absolutely true here. It is more convenient to firstly treat a trajectory and then apply analysis tools.</p>
<p><br></p>
<p>Does GROMACS team plan to add such functionality in the nearest future? No matter in what way it will be implemented.</p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p>BH&gt; There is currently a (limited) similar functionality via trjorder.</p>
<p>BH&gt; trjorder can order atoms based on distance.&nbsp;</p>
<p>BH&gt; This effectively makes</p>
<p>BH&gt; you index group dynamic, but the size is fixed.</p>
<p>BH&gt; (although not for g_velacc, which needs time correlation, but there</p>
<p>BH&gt; it becomes difficult to define what you want to calculate exactly</p>
<p>BH&gt; with dynamic groups)</p>
<p><br></p>
<p>Why not? One can want to calculate a diffusion constant in the solvation shell of an ion,</p>
<p>inside and outside any confinements, like zeolites, nanotubes, etc. To do this, we need molecules which are</p>
<p>currently located there. If the molecule goes out, it should be simply removed to no longer take</p>
<p>part in the calculation. When the other molecule comes to the area of interest the calculation (for example, VACF)</p>
<p>should just start for it from the beginning.</p>
<p><br></p>
<p>The 'trjorder' as I understand can only resort the trajectory file to have the needed particles at the beginning. The problem</p>
<p>is that when one particle replaces another in the area of interest the analysis tool "thinks" it is the same molecule. I don't know&nbsp;</p>
<p>if it can lead to significant inaccuracy. Maybe not.</p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p>Best,</p>
<p>Vitaly</p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p>&gt;&gt; Date: Wed, 25 Jun 2008 15:35:46 +0300</p>
<p>&gt;&gt; To: gmx-users@gromacs.org</p>
<p>&gt;&gt; From: vvchaban@gmail.com</p>
<p>&gt;&gt; Subject: [gmx-users] Dynamical atom groups in 'index.ndx'</p>
<p>&gt;&gt;&nbsp;</p>
<p>&gt;&gt; Dear Colleagues,</p>
<p>&gt;&gt;&nbsp;</p>
<p>&gt;&gt; Did not anybody try to implement a possibility to use a changeable</p>
<p>&gt;&gt; 'index.ndx' when analyzing a trajectory (g_rdf, g_velacc, etc)?</p>
<p>&gt;&gt; I mean that the atoms numbers in 'index.ndx' could change,</p>
<p>&gt;&gt; being different for different frames.</p>
<p>&gt;&gt;&nbsp;</p>
<p>&gt;&gt; This trick can be used for evaluating properties of molecules located</p>
<p>&gt;&gt; in the definite area at the current moment. Now we can control the</p>
<p>&gt;&gt; particles but how can we check if these particles are still located</p>
<p>&gt;&gt; in the same area where they were before they started to move?</p>
<p>&gt;&gt;&nbsp;</p>
<p>&gt;&gt; Of course, one is able to do it by visualizing trajectory and then</p>
<p>&gt;&gt; edit the particles number by hand but it is quite unlucky solution, as</p>
<p>&gt;&gt; for me.</p>
<p>&gt;&gt;&nbsp;</p>
<p>&gt;&gt; Probably I'll try to make something like it if time permits.</p>
<p>&gt;&gt; If somebody has got any considerations on this topic, please let me know.</p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts9><br></span></p>

</body></html>